Еще при жизни Федора Иоанновича, более расположенного к монашеской жизни, чем к управлению государством, фактически всеми делами вершил Борис. Где лестью, где уговорами, а то и угрозами, ему удавалось держать бояр в повиновении. Гордые своим старинным происхождением, они до глубины души ненавидели этого потомка татарского мурзы, выехавшего на Русь еще в XIV веке. Особенно люто ненавидели Бориса Мстиславские и Шуйские, которые его возвышение приняли за личное оскорбление. Коварные и мстительные они задумали против Годунова заговор, намереваясь его убить на пиру у Мстиславского.
Однако Годунов оказался хитрее, коварнее и, главное, предусмотрительнее их. Заговор не удался. Тогда бояре стали уговаривать Федора Иоанновича развестись с бездетной Ириной. Умный Годунов разгадал тайные замыслы своих врагов, и они жестоко поплатились — иные были казнены, другие насильственно пострижены в монахи и сосланы в дальние монастыри. Годунов забрал еще большую силу и, чувствуя близкую смерть царя, подготовил все к захвату государственной власти.
Умирающий Федор Иоаннович в присутствии патриарха Иова убеждал свою молодую супругу постричься после его смерти в монахини. Патриарх, державшийся очень тихо и осторожно, ласково сказал царю:
— Живи, государь, многие лета! Рано о смерти и монашестве думать. И кому же тогда занимать престол?
Хилый, с глубоко запавшими скорбными глазами, Федор поднял пожелтевшее пергаментное лицо и сказал блаженненьким голосом:
— В престоле бог волен.
А ты, Иринушка, пойди, пойди, милая, в монастырь замаливать наши прегрешения…
Крепкотелая, большеглазая Ирина, весьма склонная к лени и любившая теплые перины и пуховики, страшно боялась всяких беспокойств и хлопот. Она покорно склонила голову и ответила царю:
— Об этом говорено меж нами, Феденька. Как сказано тобою, тому и быть!
В самом тысяча пятьсот девяносто седьмого года царь Федор Иоаннович сильно занемог и почти не вставал с постели. В январское утро тысяча пятьсот девяносто восьмого года он тихо скончался.
Супруга его наотрез отказалась от престола; на девятый день после кончины мужа она ушла в Новодевичий монастырь и постриглась в монашество под именем инокини Александры."
"При поддержке приверженного ему патриарха Иова и обласканных им в свое время людей Борис Годунов занял престол царя всея Руси. Не только одно властолюбие толкало его к этому, — в нем сильно говорил инстинкт самосохранения.