В ранних работах использовались 6-маркерные гаплотипы, затем 12-маркерные, затем 25- и 37-маркерные, а сейчас работа рутинно ведется с 67-маркерными гаплотипами (в академических публикациях, как правило, от 8 до 17 маркерных гаплотипов), а в последние два года – и с 111-маркерными гаплотипами. В 67-маркерных гаплотипах, например, одна мутация происходит в среднем за 8 поколений, в 111-маркерных – за 5 поколений, то есть примерно раз в 125 лет. Для расчетов за «поколение» принимается интервал времени в 25 лет, и на основании этого интервала происходит калибровка констант скоростей мутации «второго типа», то есть мутаций в гаплотипах.
В этом рассказе были определены 20-маркерные гаплотипы, имеющие несколько нестандартный формат, поэтому их расчет проводился по 17 локусам, так называемому Y-filer, суммарная константа скорости мутации которых хорошо известна.
Поскольку уже доказано, что эти мутации в локусах происходят в основном (или исключительно) неупорядоченно, то к ним оказалось возможным применять правила и подходы химической кинетики (или биологической кинетики, которая базируется на тех же принципах химической кинетики, только в биологических объектах). Каждому маркеру свойственна определенная константа скорости мутации (измеряемая в числе мутаций на маркер на 25 лет, то есть на условное поколение), и каждому гаплотипу (состоящему из набора маркеров) – тоже свойственна определенная средняя константа скорости мутации. Поэтому чем древнее общий предок популяции, тем больше мутаций накапливается в гаплотипах его потомков по сравнению с ним, тем больше поколений (и лет) отделяет современных потомков от их общего предка, и это число поколений (и лет) рассчитывается методами ДНК-генеалогии. Проблема заключается в том, что начиная примерно с 600 лет до настоящего времени зависимость между общим числом мутаций и временем жизни общего предка становится нелинейной за счет накопления возвратных мутаций, и нужны специальные методологические приемы, чтобы переводить эту нелинейность в хронологические показатели. Арсенал этих приемов отличает ДНК-генеалогию, как по сути дела историческую науку (собственно, генеалогия и есть история), опирающуюся на количественный анализ кинетики накопления мутаций в ДНК, от популяционной генетики, основной задачей который является нахождение связи между генотипом и фенотипом популяции, и генетическим описание главным образом современных популяций в различных регионах.