Незадолго до войны Абакумова повысили: он стал заместителем народного комиссара внутренних дел. Когда Михеев, начальник военной контрразведки, застрелился в окружении под Киевом, Сталин заменил его Абакумовым, которому тогда было всего тридцать четыре года. В новой должности Абакумов отвечал за политическую благонадежность войск и борьбу с немецким шпионажем в вооруженных силах; вместе с тем он набирался опыта в вопросах разведки и контрразведки. Его нельзя было сравнить с Берией по профессиональным способностям, но деловая хватка сильно отличала его от остальных аппаратчиков.
В декабре 1945 года Берия был освобожден от должности народного комиссара внутренних дел, которую занимал с 1938 года. Он уже не курировал органы безопасности, если это впрямую не касалось его основной работы: он руководил Специальным комитетом по проблеме № 1— атомной бомбе и топливно-энергетическим комплексом.
Когда Абакумова в 1946 году назначили вместо Меркулова министром госбезопасности, он не был близок к Берии. Напротив, Сталин дал Абакумову указание собрать компромат на всех, в чьих руках была власть, в том числе на Берию. Абакумов смог доказать, что Маленков прекрасно знал о сокрытии неполадок в авиапромышленности, и в 1947 году Маленков получил выговор, был смещен с должности и временно сослан в Казахстан. Его вывели из Секретариата ЦК, а его обязанности перешли к Кузнецову, протеже Жданова. Абакумов и Кузнецов установили самые тесные дружеские отношения."
"Однако спустя два месяца Сталин назначил Маленкова заместителем Председателя Совета Министров. Берия в то время поддерживал Маленкова и не скрывал, что они часто встречаются. Абакумов со своей стороны сообщал Сталину о том, что Маленков и Берия сочувствуют репрессированным руководителям авиапромышленности и военным. Абакумов ознакомился с документами милиции об охранниках Берии, хватавших на улице женщин и приводивших их кнему, что вызывало жалобы мужей и родителей.
Расстановка сил в окружении Сталина была следующей: и Берия, и Маленков поддерживали тесные рабочие отношения с Первухиным и Сабуровым, занимавшимися экономическими вопросами. Все они входили в одну группировку. Они выдвигали своих людей на влиятельные должности в правительстве.