Многие консервативно настроенные помещики (П.П. Гагарин, М.П. Позен) подвергли этот проект резкой критике, поскольку считали установленные в нем крестьянские наделы слишком завышенными, а повинности за эти наделы — явно заниженными. Руководство редакционных комиссий вынуждено было пойти на ряд уступок консервативной части дворянства, в результате чего в черноземных губерниях страны были существенно понижены нормы крестьянских наделов, а в нечерноземных, напротив, повышены размеры оброка.
В начале 1860 г. скоропостижно скончался генерал Я.И. Ростовцев и новым председателем редакционных комиссий стал министр юстиции, окаменелый консерватор граф Виктор Никитич Панин. При всем своем желании он не смог оказать серьезного негативного влияния на процесс подготовки реформы, поскольку фактическое руководство всей работой по проведению реформы теперь осуществлял председатель Земского отдела Министерства внутренних дел, тайный советник Николай Алексеевич Милютин — крупный государственный деятель и наиболее видный представитель правительственной партии либеральных бюрократов.
В начале октября 1860 г. отредактированное «Положение о крестьянах» поступило в Главный комитет по крестьянскому делу, где оно обсуждалось вплоть до середины января 1861 г. В конце января 1861 г. проект этого документа поступил на рассмотрение Государственного совета, и после одобрения проекта большинством государственных мужей, 19 февраля 1861 г., в шестую годовщину своего вступления на престол, Александр II подписал два исторических документа: манифест «Об отмене крепостного права» и «Положение о крестьянах, вышедших из крепостной зависимости».
По информации ряда историков (Н. Троицкий), текст самого царского манифеста, который был опубликован 5 марта 1861 г., первоначально был написан Н.А. Милютиным и Ю.Ф. Самариным. Однако затем, по личной просьбе императора, его отредактировал московский митрополит Филарет, которого в народе звали Филька. Поскольку этот текст был написан слишком витиеватым для большинства безграмотных крестьян слогом, то в народе манифест практически сразу получил не очень благозвучное название «филькина грамота». Хотя подобная трактовка истории создания этого документа разделяется далеко не всеми современными историками (А. Боханов).
В «Положении о крестьянах, вышедших из крепостной зависимости» содержалось 17 законодательных актов, в том числе «Общее положение», четыре «Местных положения о поземельном устройстве крестьян», «Положение о выкупной операции» и другие.