После долгой и острой дискуссии в Главном, губернских и уездных комитетах члены «Особого совещания» пришли к единому мнению, что для решения аграрного вопроса необходимо:
1) существенно расширить имущественные и гражданские права крестьянства, уравняв их в правах с другими сословиями Российской империи;
2) всячески содействовать переходу крестьян от общинного к подворному и хуторскому владению землей на правах частной собственности;
3) реформировать саму общину и превратить ее в свободную ассоциацию крестьянских товаропроизводителей, а прежние фискально-полицейские функции общины возложить на волостные земства.
Однако новый царский манифест, подписанный Николаем II в феврале 1903 г., проигнорировал все пожелания членов «Особого совещания» и вновь подтвердил неприкосновенность векового общинного землевладения, неотчуждаемость крестьянских надельных земель и сохранение общины как основного фискально-полицейского института в деревне. Вместе с тем, С.Ю. Витте удалось отстоять целый ряд принципиальных позиций. В марте 1903 г. была отменена общинная круговая порука, а в июне 1904 г. изданы законодательные акты, существенно упростившие процедуру переселения крестьян на новые земли и паспортный режим для них. Однако в марте 1905 г. «Особое совещание» С.Ю. Витте было упразднено и образовано новое «Особое совещание о мерах к укреплению крестьянского землевладения», которое возглавил влиятельный член Государственного совета, действительный тайный советник И.Л. Горемыкин.
Первая русская революция и массовые крестьянские волнения во многих регионах страны вынудили «власти предержащие» вновь вернуться к решению аграрно-земельного вопроса и существенно изменить саму идеологию реформы. В феврале 1906 г. рабочая группа во главе с заместителем министра внутренних дел генералом В.И. Гурко предложила новый вариант аграрной реформы, который в мае 1906 г. был одобрен на Первом съезде дворянских обществ. В частности, этот проект разрешал крестьянам свободный выход из общины, продажу своих надельных земель и свободное переселение на окраины империи.
Ряд современных авторов (А. Бородин) сомневаются в том, что объединенное российское дворянство, возглавляемое графом А.А. Бобринским, могло добровольно поддержать проведение новой аграрной политики правительства, которая напрямую затрагивала его земельные и сословные интересы. Поэтому, вероятнее всего, эта «инициатива» была навязана «дворянским обществам» извне.
Реализация новой аграрной реформы была возложена на нового председателя Совета министров и министра внутренних дел Петра Аркадьевича Столыпина (1862―1911), хотя, вопреки широко распространенному общественному мнению, он не являлся ни автором ее основных концепций, ни ее разработчиком.