Кроме того, фракция трудовиков выдвинула ряд принципиальных политических требований: упразднить Государственный совет, расширить законодательные права Государственной думы и установить ответственность правительства перед парламентом.
Обсуждение «проекта 104-х» резко обострило обстановку в стране и в правящих кругах империи. В этой ситуации ряд членов правительства, в частности министр финансов В.Н. Коковцов, министр иностранных дел А.П. Извольский и министр народного просвещения П.М. Кауфман выступили с неожиданной идеей включения представителей либеральной оппозиции в состав Совета министров. Более того, в середине июня 1906 г. дворцовый комендант генерал Д.Ф. Трепов, который пользовался особым расположением царя, провел тайные переговоры с П.Н. Милюковым и дал согласие на создание коалиционного правительства с участием кадетов.
Эта идея не пришлась по вкусу консервативно настроенным членам кабинета, прежде всего И.Л. Горемыкину и В.Б. Фредериксу, и после тяжких раздумий и колебаний император принял соломоново решение: 6 июля 1906 г. он отправил в отставку И.Л. Горемыкина и назначил новым главой правительства министра внутренних дел П.А. Столыпина, а 8 июля 1906 г. подписал манифест о роспуске I Государственной думы.
10 июля 1906 г. 178 депутатов распущенной Государственной думы, принадлежавших к кадетской фракции, выехали на территорию Финляндии, где подписали знаменитое «Выборгское воззвание», в котором призвали подданных российской короны к акциям гражданского неповиновения и пассивному сопротивлению режиму. 14 июля 1906 г. в Гельсингфорсе (Хельсинки) прошло совещание членов фракций трудовиков и эсдеков, а также руководства партий эсеров, большевиков и меньшевиков, на котором было принято решение начать кампанию за созыв всероссийского Учредительного собрания.
Подстрекательская деятельность левых радикалов (прежде всего, эсеров и большевиков) возымела свое действие: при их непосредственном участии 16―20 июля 1906 г. произошли вооруженные восстания матросов и солдат в Свеаборге, Ревеле и Кронштадте, которые, правда, были быстро подавлены правительственными войсками. В этой кризисной ситуации правительство П.А. Столыпина пошло на вполне адекватные меры и для пресечения новых беспорядков в армии и на флоте, 19 августа 1906 г. инициировало издание указа о введении военно-полевых судов с упрощенной системой судопроизводства. За восемь месяцев своего существования военно-полевые суды вынесли всего 1102 смертных приговора, однако реально было казнено и того меньше, всего лишь 683 человека, что на фоне эсеровского террора выглядело более чем гуманно.
После относительной стабилизации обстановки в стране в начале февраля 1907 г. были проведены выборы во II Государственную думу.