Столыпина, а 8 июля 1906 г. подписал манифест о роспуске I Государственной думы.
10 июля 1906 г. 178 депутатов распущенной Государственной думы, принадлежавших к кадетской фракции, выехали на территорию Финляндии, где подписали знаменитое «Выборгское воззвание», в котором призвали подданных российской короны к акциям гражданского неповиновения и пассивному сопротивлению режиму. 14 июля 1906 г. в Гельсингфорсе (Хельсинки) прошло совещание членов фракций трудовиков и эсдеков, а также руководства партий эсеров, большевиков и меньшевиков, на котором было принято решение начать кампанию за созыв всероссийского Учредительного собрания.
Подстрекательская деятельность левых радикалов (прежде всего, эсеров и большевиков) возымела свое действие: при их непосредственном участии 16―20 июля 1906 г. произошли вооруженные восстания матросов и солдат в Свеаборге, Ревеле и Кронштадте, которые, правда, были быстро подавлены правительственными войсками. В этой кризисной ситуации правительство П.А. Столыпина пошло на вполне адекватные меры и для пресечения новых беспорядков в армии и на флоте, 19 августа 1906 г. инициировало издание указа о введении военно-полевых судов с упрощенной системой судопроизводства. За восемь месяцев своего существования военно-полевые суды вынесли всего 1102 смертных приговора, однако реально было казнено и того меньше, всего лишь 683 человека, что на фоне эсеровского террора выглядело более чем гуманно.
После относительной стабилизации обстановки в стране в начале февраля 1907 г. были проведены выборы во II Государственную думу. 20 февраля она приступила к работе. В ходе избирательной кампании было избрано 518 депутатов. По своему партийно-фракционному составу II Государственная дума оказалась еще более левой, чем прежняя: кадеты получили 98 мандатов, октябристы — 32 мандата, трудовики — 104 мандата, социал-демократы (меньшевики и большевики) — 65 мандатов, эсеры — 37 мандатов, энесы — 16 мандатов и т. д. Председателем II Государственной думы вновь был избран представитель кадетской партии, профессор-юрист Федор Александрович Головин.
Центральное место в работе II Государственной думы вновь занял аграрный вопрос. В марте 1907 г. трудовики внесли на рассмотрение своих коллег «Проект основных положений земельного закона», который в точности воспроизводил их прежний «проект 104-х». В апреле 1907 г.