Казацкое восстание стало постепенно перерастать в мощную Крестьянскую войну.
В декабре 1773 г. по указанию Е.И. Пугачева И. Чика-Зарубин отбыл на уральские заводы для организации производства пушек, а затем начал поход на Уфу. И хотя многотысячная армия «графа Ивана Никифоровича Чернышева» взять Уфу так и не смогла, поход пугачевцев всколыхнул практически весь Урал и ряд районов Западной Сибири. К февралю 1774 г. повстанческая армия И. Белобородова взяла под контроль более 90 горнорудных и металлургических заводов Урала. А в Поволжье отряды повстанцев взяли под контроль Самару, Бузулук, Ставрополь и другие крупные уездные города.
В этой критической ситуации, оценив всю угрозу пугачевского бунта, Екатерина II в знак поддержки и солидарности со всем поволжским дворянством объявила себя «почетной казанской помещицей» и назначила новым главнокомандующим правительственных войск энергичного и опытного генерал-аншефа А.И. Бибикова. В марте 1774 г. отряд полковника И.И. Михельсона нанес крупное поражение отрядам И. Белобородова и И. Чики-Зарубина под Уфой, а отряд генерал-майора М.Г. Голицына разгромил основные силы Е.И. Пугачева под Татищевой крепостью и вынудил его снять осаду Оренбурга. Затем отряд генерала П.Д. Мансурова занял Илецкий, и чуть позже Яицкий городки. В этой ситуации в начале апреля 1774 г. с остатками своей повстанческой армии, которая насчитывала всего 500 яицких казаков, Е.И. Пугачев уходит на Урал, где начался новый, второй этап Крестьянской войны.
В апреле ― июне 1774 г. главные события Крестьянской войны развернулись на территории горнозаводского Урала и Башкирии. Шествие пугачевской армии по территории Урала было победоносным, но шедшие по пятам пугачевцев правительственные войска под командованием генерал-аншефа А.И. Бибикова и полковника И.И. Михельсона не давали ей возможности закрепиться и перевести дух. Она была вынуждена оставлять за собой сожженные и разрушенные крепости, заводы и мосты, что вызывало ропот и недовольство у многих местных работных людей и серьезно суживало социальную базу бунтовщиков.
После взятия Магнитной повстанческая армия Е.И. Пугачева вновь значительно выросла до 10 тысяч бойцов, в основном за счет отрядов И. Белобородова, А. Овчинникова, А. Перфильева и других его сподвижников. Однако плохо вооруженная и мало обученная армия повстанцев не могла успешно противостоять регулярным правительственным войскам. В конце мая 1774 г. под Троицкой крепостью состоялось ожесточенное сражение бунтовщиков с войсками генерала И.А. Деколонга, в результате которого повстанцы потеряли почти половину своей армии, огромный обоз с провиантом и фуражом и всю полевую артиллерию.
В июне 1774 г., после соединения с кавалерией С.