После неудачных попыток добиться от Сталина поддержки в этом конфликте Капица вскоре был выведен из состава Спецкомитета. Его оставили в покое, но лишили доступа к атомным разработкам.
Однако Капица в ряде публикаций в Англии и США в 1950—1960-х годах представал как «координатор paбот и разведки по атомному оружию». В 1946 году он обратился к Эйнштейну с предложением приехать в СССР для работы в области физики «в самой свободной для творчества стране».
Это вызвало целый переполох в спецслужбах США и американском посольстве в Москве. ФБР стало активно разрабатывать Эйнштейна, считая его связанным какими-то негласными договоренностями с Капицей, роль которого в советском атомном проекте в 1946 году американцам не была известна.
Спецкомитет по атомной проблеме обладал чрезвычайными полномочиями по мобилизации сил любых ресурсов и резервов для создания атомной бомбы. На практике это означало, что когда в Сибири стали строиться заводы по переработке урановой руды, пришлось сильно ограничить в электроснабжении ряд предприятий. Я вспоминаю яростные споры и нецензурную брань членов комитета Первухина и Вознесенского, когда обсуждался вопрос о том, за какими предприятиями сохранить в полном объеме потребление электроэнергии. Для меня было совершенно неожиданным, что Первухин, защищая предприятия курируемой им химической промышленности, нападал на Вознесенского, члена Политбюро, старшего по положению.
В первый послевоенный год разведывательные операции по атомной проблеме пользовались особым приоритетом. В декабре 1945 года Берия оставил пост наркома внутренних дел и переехал с Лубянки в Кремль, в кабинет заместителя Председателя Совета Народных Комиссаров. Заседания Спецкомитета по атомной проблеме также стали проходить в Кремле, а не в НКВД. Как начальник 2-го бюро комитета, сотрудник аппарата правительства, я получил постоянный пропуск на вход в Кремль в любое время.
27 декабря 1945 года в адрес Берии мы направили для рассмотрения на спецкомитете правительства переведенные с английского языка материалы по конструкции атомной бомбы, образцы корпуса детонатора бомбы полученные по линии агентуры органов безопасности и военной разведки.
Заседания Спецкомитета обычно проходили в кабинете Берии. Это были жаркие дискуссии. Помимо острых споров о распределении электроэнергии, Первухин продолжал свои нападки на Вознесенского, требуя увеличения фондов цветных металлов для нужд предприятий химической промышленности, занятых в производстве ядерного топлива. Меня удивляли взаимные претензии членов правительства. Берия вмешивался в эти споры, призывая Первухина и Вознесенского к порядку.