Это было обычной практикой: всякий раз при смене руководства в министерствах (обороны, безопасности или иностранных дел) Центральный комитет назначал комиссию для рассмотрения деятельности старого руководства и передачи дел.
Среди вопросов, которые изучала комиссия Кузнецова, был и такой: приостановление Меркуловым уголовного преследования сторонников Троцкого в 1941—1945 годах. Неожиданно всплыли мои и Эйтингона подозрительные связи с известными «врагами народа» — руководителями разведки ОГПУ— НКВД в 30-х голах. Абакумов прямо обвинил меня и Эйтингона в «преступных махинациях»: мы вызволили своих «дружков» из тюрьмы в 1941 году и помогли им избежать заслуженного наказания. Сказанное возмутило меня до глубины души: речь шла о клевете на героев войны, людей, преданных нашему делу. Охваченный яростью, я резко оборвал его.
— Не позволю топтать сапогами память героев, погибших в войне, тех, которые проявили мужество и преданность своей Родине в борьбе с фашизмом. В присутствии представителя Центрального комитета я докажу, что дела этих чекистов были сфабрикованы в результате преступной деятельности Ежова, — заявил я в запальчивости.
Кузнецов (он знал меня лично — мы встречались на соседней даче, у вдовы Емельяна Ярославского), вмешавшись, поспешил сказать, что вопрос закрыт. Обсуждение на этом закончилось, и я ушел.
Вернувшись к себе, я тут же вызвал в кабинет Серебрянского, Зубова, Прокопюка, Медведева и других сотрудников, подвергавшихся арестам и увольнениям в 1930-х годах, и предложил им немедленно подать в отставку. Особенно уязвимым было положение Зубова и Серебрянского, чьи дела вел в свое время Абакумов.
В июле 1946 года — впервые за восемь лет — я взял отпуск и отправился с женой и детьми под Ригу, на прибалтийский курорт Майори. Вначале мы жили в военном санатории, но известный латышский писатель Вилис Лацис, одно время бывший народным комиссаром внутренних дел Латвии, а затем председателем Совета Министров, пригласил нас в свою резиденцию. Когда я вернулся в Москву после отпуска, начальник секретариата Министерства госбезопасности Чернов сообщил мне, что 4-е управление, которым я руководил, расформировано. Поскольку нашего подразделения больше не существовало, я получил указание от министра представить ему свои предложения по использованию личного состава. У меня фактически не было возможности маневра: с одной стороны — Молотов, намеренный создать Комитет информации, а с другой — Абакумов, министр госбезопасности.
Я все еще являлся руководителем разведывательного бюро Спецкомитета правительства по атомной проблеме. От Огольцова я узнал: Абакумова раздражало, что я до сих пор занимаю этот пост и имею прямой доступ в Кремль.