Когда о выдвинутых Шварцманом обвинениях против тридцати сотрудников Министерства госбезопасности еврейской национальности, занимавшихся терроризмом, доложили Сталину, он заявил Игнатьеву и Рюмину: «Вы оба дураки. Этот подонок просто тянет время. Никакой экспертизы. Немедленно арестовать всю группу». (Об этом мне рассказывал Людвигов, когда мы оба находились в тюрьме.)
По распоряжению Сталина были арестованы все евреи — ответственные сотрудники центрального аппарата Министерства госбезопасности, а также «ряд руководящих работников нееврейского происхождения». Так оказались за решеткой Эйтингон, Райхман, заместители министра госбезопасности генерал-лейтенанты Питовранов и Селивановский. Арестовали и полковника в отставке Маклярского, ставшего к тому времени весьма известным кинодраматургом, специализировавшимся на сценариях из жизни разведчиков: Шварцман в своих показаниях упомянул и его. Был брошен в тюрьму и сын первого главы советского государства Свердлова полковник Андрей Свердлов.
Вместе с этими людьми также были арестованы и их непосредственные подчиненные, по национальности русские. В МГБ и Следственной части появились новые лица из партийных органов. Они, как правило, отличались полной некомпетентностью. На волне набиравшей силу антисемитской кампании и истерии руководство Следственной части по особо важным делам МГБ было усилено в 1951— 1953 годах по специальным решениям ЦК КПСС Коняхиным и Месяцевым. Последний имел большой опыт работы в годы войны в качестве начальника следственного отдела во фронтовых органах военной контрразведки (СМЕРШ). В 60—70-х годах он стал председателем Гостелерадио СССР, затем послом в Австралии.
Люди из ЦК руководили Следственной частью, иногда участвуя в допросах, вспоминал бывший начальник группы учета и регистрации Следственной части, полковник, позднее известный писатель Ананьин.
Подследственных зверски избивали, помещали в камеры-карцеры со специальным охлаждением, почти постоянно держали в наручниках и кандалах, а нежелательные протоколы допросов и постановлений уничтожались.
Из всех арестованных «заговорщиков в МГБ» только Абакумов, Эйтингон, Питовранов и Матусов ни в чем не признали себя виновными.
Арестованные Рюминым врачи-евреи, находившиеся под следствием, обвинялись в том, что выполняли задания Абакумова. Приписывавшиеся участникам «заговора врачей» преступления казались мне невероятными. Один из этих «террористов», профессор Александр Фельдман, лечил всю нашу семью, пользовался нашим полным доверием, и я всегда поздравлял его с праздниками и посылал ему цветы.