В обвинительном заключении нет ссылок на его приказы, конкретные даты или устные распоряжения. Нет там и указания на места встреч «заговорщиков» и содержания их плана захвата власти. Напротив, материалы дела говорят о том, что Берия в это время был занят своими любовными похождениями. Столяров задал вопрос: как может человек, стремящийся к захвату власти, проводить время с любовницей в тот день, когда им якобы назначен государственный переворот? В деле нет никаких ссылок на то, какие силы он планировал использовать для переворота.
Обвинения против Берии базировались лишь на его «предательских инициативах» в области национальной политики, шагах, направленных на урегулирование отношений с Югославией, и его намерениях объединения Германии. По словам Столярова, версия о «заговоре» включала связь Берии с британской «Интеллидженс сервис»: прокурор сделал это заключение, основываясь на приказе Берии о прекращении следствия по делу Майского, нашего посла в Великобритании, обвинявшегося в шпионаже в пользу англичан. В обвинительном заключении, рассказал мне Столяров, утверждалось, что Майский должен был занять пост министра иностранных дел в правительстве Берии. Берию обвиняли в том, что он без санкции ЦК дал распоряжение о подготовке испытания водородной бомбы. Между тем этот приказ никто не отменил после его ареста, и подготовка продолжалась весь июнь, когда Берия уже сидел в тюрьме, а испытание провели в августе.
Одно из главных обвинений против Берии заключалось в том, что во время гражданской войны, в 1919 году, он являлся агентом мусаватистской националистической разведки и якобы установил тайные контакты с британской спецслужбой в Баку, которая внедрила его в большевистскую организацию. В приговоре по его делу утверждалось, что Берия уничтожил всех свидетелей своего предательского поведения в годы гражданской войны на Кавказе и оклеветал память славного большевика Серго Орджоникидзе, героя грузинского народа и верного друга Ленина и Сталина.
Позднее, в 50-х годах и до августовского путча 1991 года, все руководители от Хрущева до Горбачева продолжали утверждать, что Орджоникидзе стал жертвой Сталина и Берии из-за своей оппозиции сталинским репрессиям 30-х годов. Однако архивные документы рисуют совершенно иную картину. По словам Мамулова, начальника секретариата Берии, Орджоникидзе подготовил и собственноручно написал заявление в Комиссию партконтроля, подтверждавшее, что Берия был послан коммунистической партией в организацию азербайджанских националистов, с тем, чтобы проникнуть в их спецслужбу. Его работа там представляла ценность для большевистского подполья Баку в период 1918-1920 годов. Этот документ находится в «фонде Берии», в президентском архиве.