Позднее, в 50-х годах и до августовского путча 1991 года, все руководители от Хрущева до Горбачева продолжали утверждать, что Орджоникидзе стал жертвой Сталина и Берии из-за своей оппозиции сталинским репрессиям 30-х годов. Однако архивные документы рисуют совершенно иную картину. По словам Мамулова, начальника секретариата Берии, Орджоникидзе подготовил и собственноручно написал заявление в Комиссию партконтроля, подтверждавшее, что Берия был послан коммунистической партией в организацию азербайджанских националистов, с тем, чтобы проникнуть в их спецслужбу. Его работа там представляла ценность для большевистского подполья Баку в период 1918-1920 годов. Этот документ находится в «фонде Берии», в президентском архиве. Там же должны быть документы, подтверждающие личные конфликты Сталина с Орджоникидзе. Последний защищал отдельных людей, но нет никаких свидетельств того, что он в принципе возражал против арестов и репрессий.
В январе 1991 года в журнале «Известия ЦК КПСС» был неожиданно напечатан протокол Пленума ЦК по делу Берии. Выступления на Пленуме Молотова, Маленкова, Хрущева, Микояна и других показывают, что обвинения против Берии основывались на слухах, которые сами же члены Президиума ЦК и распространяли. Протокол не содержит никаких прямых улик, зато пестрит неопределенными замечаниями: «Я думал», «С самого начала я ему не доверял» и тому подобное.
Вслед за арестом Берии, в конце июня или начале июля 1953 года, Маленков назначил секретаря ЦК партии Шаталина по совместительству первым заместителем министра внутренних дел, поручив ему курирование внешней разведки. Я сразу же доложил ему о своей работе, направленной против американских стратегических баз, и попросил дальнейших указаний, показывая, что меня волнуют серьезные дела, а не интриги властей. Я попросил его санкционировать дальнейшее изучение боеготовности натовских баз. В ответ он заявил:
— Я здесь не для того, чтобы что-то решать. И подписывать документы не собираюсь.
И возвратил мою записку-рапорт без комментариев.
После того как об аресте Берии объявили официально и он был исключен из партии и назван врагом народа, состоялся партийный актив руководящего состава Министерства внутренних дел. Выступления Маленкова и Шаталина с объяснением причин ареста Берии для профессионалов, собравшихся в конференц-зале, прозвучали наивно и по-детски беспомощно.