Однако такая политика в годы первых пятилеток была отринута, забыта, сменилась «воинствующим атеизмом», сопровождавшимся массовым закрытием церковных зданий всех конфессий, арестами, ссылками священников, пресвитеров, архиереев, отменой большинства ранее выданных разрешений на существование общин прихожан, тогда и являвшихся юридическими лицами. Только в 1943 г. последовала не менее резкая смена курса по отношению к религии и верующим. После четвертьвекового отсутствия каких бы то ни было отношений и связей государства и церкви положение буквально в одночасье, и самым кардинальным образом, изменилось. И произошло это отнюдь не без выражения верноподданических и патриотических чувств со стороны РПЦ. Их услышали, поняли, должным образом оценили и нашли применение.
Прихожане и священники РПЦ активно участвовали в сборе пожертвований в фонд обороны, постоянно свидетельствовали о варварстве нацистских захватчиков, об их жестокости по отношению к мирному населению, о бессмысленном уничтожении церквей, соборов, монастырей, надругательстве над священными для верующих местами. Учитывая продолжавшее бытовать на Западе, и прежде всего в Великобритании и США, а также используемое нацистской пропагандой в общем небезосновательное утверждение о преследовании религии в СССР, РПЦ срочно подготовила и выпустила уже летом 1942 г. откровенно рассчитанный прежде всего на зарубежного читателя сборник «Правда о религии в России», ограничившись, естественно, подборкой доказательств в пользу того, что именно РПЦ существует и действует свободно благодаря благожелательному отношению к ней со стороны советской власти и никаких гонений якобы не испытывает.
Сохранившееся весьма сильное влияние РПЦ на подавляющее большинство христиан в Советском Союзе, ее твердая патриотическая позиция, занятая с первого же дня войны, и привели не только к значительному ослаблению идеологического давления на нее со стороны властей, но и к заключению конкордата.
В последних числах августа 1943 г. митрополита Сергия — Местоблюстителя Патриаршего престола, находившегося в эвакуации в Ульяновске, а также митрополитов Ленинградского и Ладожского Алексия, Киевского и Галицкого Николая срочно вызвали в Москву, а в ночь на 4 сентября пригласили в Кремль. Там между ними и Сталиным, Молотовым, Маленковым, Берия, а также одним из малозначимых тогда чиновников Г.Г.
