Со своей стороны, и царица Наталья подготовляла и подстрекала своих приверженцев к низложению Софьи и вселяла в своего подраставшего сына непримиримую к ней вражду и беспредельную ненависть.
Царь Петр Алексеевич продолжал в селе Преображенском заниматься со своими потешными, которых обучал военному ремеслу при помощи иностранцев. Невзлюбили стрельцы этот початок нового царского войска и с презрением обзывали потешных конюхами, опасаясь, однако, что новые ратные люди скоро превзойдут их выправкою и навыком в военном искусстве. Быстро подрастал и заметно мужал учредитель новой московской рати, и Софья видела, что ей предстоит начать решительную борьбу с младшим братом, и подготовлялась к ней, опираясь на стрельцов и поджидая возвращения Голицына из крымского похода.
— Не выдавайте меня царице Наталье Кирилловне и ее сыну, — твердила правительница часто приходившим к ней выборным стрельцам. — Зачинает она против меня смуту с братьями.
— От чего бы тебе и не принять царицу! — отвечали стрельцы, подразумевая под этими словами окончательную расправу с Натальею Кирилловною.
— Жаль мне ее, — отвечала царевна.
— Твоя воля, государыня, что изволишь, то и делай, — говорили стрельцы, готовые и постоять за Софью, и щадить ее врагов, если она сама пожелает того или другого.
— Не о себе пекусь я, боюсь за вас! Переведут они стрельцов своими потешными, — озабоченно добавляла Софья, надеясь, что стрельцы и без ее участия догадаются избавить ее от мачехи и царя Петра и тем не особенно потревожат ее совесть.
Запугиваемые царевною стрельцы расходились по домам, унося с собою озлобление против царицы, ее сына и потешных.
— Хороша была бы вам пожива, если бы расправились с боярами, — внушал, в свою очередь, стрельцам их начальник Шакловитый. — Есть что пограбить у них. Отмолили бы потом да роздали часть по церквам и по монастырям, и отпустил бы вам Господь Бог ваши прегрешения!
Сильвестр Медведев также волновал против царицы и Петра людей богобоязненных.
— Смотрите, — говорил он, — благочестивая царевна постоянно молится, а они, нечестивцы, в Преображенском на органах и скрипицах играют.
8 июля 1689 года Красная площадь была усеяна народом в ожидании, когда по окончании обедни в Успенском соборе начнется крестный ход, установленный в память изгнания из Москвы ляхов, а между тем в соборе произошла первая стычка Петра с Софьей.
— Не стать тебе, царевне, ходить по улицам и площадям с народом! — гневно сказал Петр, застанавливая дорогу сестре, которая, подняв местный образ, готовилась выйти из церкви, чтобы следовать с крестным ходом.
Презрительно и грозно сдвинув брови, взглянула она на брата.
— Говорю я тебе, не ходи! — с еще большим гневом повторил Петр.
Тот же взгляд царевны был ему ответом.