Ровно скрипело и прытко ходило по бумаге привычное перо бывшего приказного, когда явился в Москву новый посланец от Троицы. Не имея никаких известий ни от Нечаева, ни о нем самом, Петр отправил в Москву за Шакловитым и Сильвестром другого полковника с настоятельным требованием их выдачи. Новый посланец воспользовался отсутствием правительницы и через боярина князя Прозоровского потребовал у царя Ивана выдачи Шакловитого.
— По мне, пусть забирает кого хотят, лишь бы меня не трогали, — равнодушно проговорил Иван, лежавший по обыкновению целый день в постели.
Прозоровский отправился с полковником и прибывшими из Троицы стрельцами в хоромы, которые занимал Шакловитый. Никто из бывшей при ней стражи не посмел задержать боярина.
— Иди, Федор, спешно к великому государю Ивану Алексеевичу, он тебя к себе требует! — как ни в чем не бывало сказал Прозоровский.
Не подозревая западни, Шакловитый тотчас побежал к государю. Но едва он показался на крыльце, как троицкие посланцы напали на него, крепко скрутили по рукам и по ногам веревками, ввалили в телегу и повезли в лавру.
Возвращаясь из монастыря, Софья узнала о захвате Шакловитого, но спасти его не было уже никакой возможности; теперь его быстро мчали по Троице-Сергиевой дороге. Гневу и отчаянию царевны не было пределов.
Еще до захвата, Шакловитого стрельцы навестили Заиконоспасский монастырь, чтобы схватить Сильвестра Медведева, но след его уже простыл. Он выбрался из Москвы в село Микулино и, там переодевшись в крестьянское платье, побрел в виде странника по смоленской дороге, пробираясь в Польшу.
В то время, когда Шакловитый висел на дыбе в Троицкой лавре и бояре, преданные Петру, допрашивали его под ударами кнута, в селе Медведково, на реке Яузе, в семи верстах от Москвы, укрывался от гнева Петра князь Василий Васильевич Голицын, не принимавший никакого участья в действиях царевны Софьи со времени неудачной ее поездки к Петру. Голицын, которому в мечтах царевны Софьи приготовлялся царский венец, помышлял теперь о побеге в Польшу, но невозможность захватить с собою свои громадные богатства заставляла колебаться и без того не слишком решительного боярина.
С ужасом узнал он, что Петр, хотевший пощадить Шакловитого, приказал, по настоянию патриарха, отрубить ему голову, и что такой же казни, и тоже по требованию святейшего владыки, подверглись перед монастырем на московской дороге стрелецкие головы Петров и Чермной и трое рядовых стрельцов, выданные своими подчиненными и своими товарищами.