Братец Петруша был суров и непреклонен по-прежнему, да и царевна, строптивая от природы и побывавшая уже во власти, не хотела покориться ему и просить у него пощады.
В январе 1696 года умер царь Иван, не посещавший сестры под предлогом болезни, но, вероятнее, в угоду Петру, который даже не позволил Софье присутствовать на его похоронах. Петр стал единодержавствовать, и заговорили в Москве, что молодой государь хочет все царство переделать на иностранный лад.
— Наш-то Петрушка все на новые выдумки и затеи лезет, свернуть бы ему поскорее шею! — сказала как-то старшая из сестер, царевна Марфа Алексеевна, разделявшая с Софьею непримиримую ненависть к Петру. — Хорошо было бы, коли стрельцы, а за ними народ, поднялись против него и ты бы, сестрица, тогда на свободу вышла. Держит он тебя, злодей, в тяжкой неволе. Толковали прежде, будто все зло от Натальи Кирилловны шло, а теперь и нет ее, а тебе, родная моя, все-таки не полегчало.
— Крепко она научила его нас ненавидеть, весь грех за наши страдания на ее душе! — сказала гневно Софья с навернувшимися на глазах слезами.
— Господь Бог даст, все твои муки, Софьюшка, скоро кончатся. Стрельцы снова шуметь принимаются, за тебя хотят постоять, все они тебя добром вспоминают, — утешала ее царевна Марфа.
— Бояре против меня, невзлюбили они меня за то, что я им воли не давала, — перебила Софья.
— Да бояре-то не постоят и за Петрушку, роптать на него начинают за то, что с иноземцами дружит, а своих русских как будто презирает;
— Надобно бы, Марфушка, со стрельцами поближе стакиваться, посылай-ка почаще в их слободы, пусть твои постельницы да другие надежные и толковые бабы со стрельчихами сходятся. Ведь и в прошлые годы я через них стрельцами распоряжалась, — наставляла сестру царевна.
— Исполню твои советы, сестрица-голубушка. Слышно, что Петрушка в Воронеж ехать собирается, суда там строить хочет, а потом пойти войною на басурман.
— Пропасть бы ему там! — пожелала Софья.
Надежды на перемену к лучшему, казалось, готовы были осуществиться, когда состоявший в царской службе и пользовавшийся прежде расположением Петра иноземец Цыклер, а из русских Соковнин и Пушкин, составили против Петра заговор. Смелый их замысел был, однако, открыт и их четвертовали: сперва отрубили руки и ноги, а потом и головы; а при производстве о них дела оказалось, что царевна Софья не была чужда замыслов заговорщиков. В 1697 году сходил Петр под Азов и, возвратясь в Москву победителем, задумал отправиться с великим посольством за границу.
— Смотри за царевною Софьею Алексеевною, да смотри, Федор Юрьевич, хорошенько, чтобы порухи какой не было. Гляди в оба, чтобы она никаких сношений за монастырскою стеною не заводила. Знаю я ее преотменно. И сидя в Новодевичьем, сумеет она наделать много бед.