Для пресечения свободного сообщения правительница распорядилась поставить, сильные заставы по Троицкой дороге, усилить городские караулы и приказала в случае появления каких писем из похода, то есть из-под Троицы, в полках письма те, не распечатывая, доставлять к ней на Верх. Но, несмотря на принятые меры, пересылки случались нередко.
14 августа от Петра князем Борисом Алексеевичем присланы были грамоты во все стрелецкие полки и в оба солдатские, Гордона и Захарова, с наказом явиться в Троицкий монастырь полковникам, урядникам и по десяти стрельцов от каждого полка к 18 августа «для великого государственного дела». Посланные с этими грамотами были схвачены на заставах и представлены Софье Алексеевне, но, однако, некоторые из них успели пробраться тайком и передать грамоты на съезжие избы. По этому поводу правительница призвала к себе полковников с выборными и строго запретила им вмешиваться в ссоры ее с братом и к Троице не ходить. Запрещение этого ставило в затруднительное положение полковников, заставляло их оказать явное непослушание царской воле.
— Отчего бы нам не идти? — говорили они между собой. — Разве через это будет какая государству поруха?
Эти слова были переданы правительнице, и она снова вышла к ним, но уже с грозным словом:
— Если кто соберется идти к Троице, тому велю отрубить голову.
Полковники остались, как остался и солдатский Бутырский полк генерала Гордона.
Прошло еще два дня томительного ожидания. Из Троицы не слышно никаких вестей, даже поехавший туда боярин Иван Борисович словно умер. Истомившись от нетерпения, Софья Алексеевна уговорила брата Ивана Алексеевича послать к Троице своего дядьку, всеми уважаемого старого боярина князя Петра Ивановича Прозоровского с тою же целью — склонить Петра воротиться в Москву. Прозоровского провожал духовник Петра — протоиерей Меркурий. Но и эта попытка не удалась: на другой же день Прозоровский воротился в Москву ни с чем.
Тогда правительница вспомнила о старинном и забытом ею печальнике и миротворце всех княжеских смут и раздоров — патриархе Иоакиме. И она обратилась к нему. Красноречиво и с блестевшими на полуопущенных ресницах слезами жаловалась она ему, как злые люди встали между нею и братом, наговорили ему Бог знает что на нее, не виновной ни в чем, и нет человека, который бы позаботился о примирении их и об устроении царства. Старик размягчился, и несмотря на хворь свою, собрался и поехал к Троице. Уехал он утром 18 августа, и по уговору с Софьей, надобно было ждать его возвращения либо на другой, либо на третий день. Прошли другой, третий и четвертый дни, а патриарха нет. Значит, он так там и остался.