Обласканные и награжденные, а потому и чрезвычайно довольные царевною возвратились выборные в свои слободы и принялись отдалять своих товарищей от раскола, но рядовые стрельцы с негодованием слушали их внушения.
— Посланы вы были говорить о правде, — упрекали они выборных, — а говорите неправду, пропили вы нас на водках и на красных винах.
Ропот между раскольниками-стрельцами усиливался, но царевна не теряла бодрости. Она звала поочередно к себе стрельцов, на которых указывала ей Родилица, как на людей, готовых постоять за новую веру, выходила к ним, подолгу разговаривала, и число приверженцев ее в слободах быстро множилось. Прошла лишь неделя со времени бурного собора в Грановитой палате, как правительница решилась нанести жестокий удар по расколу. Она потребовала от преданных ей стрельцов, чтобы они представили на расправу Никиту Пустосвята и главных его сообщников. Стрельцы исполнили это требование.
— Я не хочу сама решать его участь, не хочу также, чтобы Никиту судили бояре и приказные люди. Осудят они его хотя и правильно, да потом в народе примутся говорить, что они сделали мне это в угоду, — сказала царевна и приказала предать распопа «городскому» суду, составленному из одних только выборных.
Суд в тот же день порешил Никиту, признав, что он за хулу на святую православную церковь, за оскорбление царского величества, святейшего патриарха и за нападение на архиепископа подлежит смертной казни. 11 июля 1682 года, лишь только начало восходить солнце, на Болоте под ударом топора отскочила от туловища голова Пустосвята.
Главного его сообщника, Сергия, заточили в Спасский монастырь в Ярославле, некоторых разослали по разным монастырям, а прочие приверженцы в ужасе разбежались.
Москва притихла, но замыслы Хованского сильнее прежнего беспокоили Софью, а рассорившийся с ним неизвестно почему Иван Михайлович Милославский сделался вдруг непримиримым его врагом и решился рассчитаться, по своему обычаю, путем коварства и подкопов.
— Ты знаешь, царевна, — начал он нашептывать правительнице, — крепко обманулся я в князе Иване Андреевиче. Просил я за него, чтобы соизволила ты дать ему начальство над стрельцами, а теперь вижу, что ты была права, когда остерегалась его. Слишком силен и непокорен он стал: мутит стрельцов, царских указов не исполняет. Кажись, пора бы отнять у него силу.
Наговоры Милославского сильно действовали на Софью, и без того предубежденную против Хованского, но увещания Голицына ослабляли влияние этих наговоров. Стали доходить до Милославского слухи, что Хованский грозит ему. Милославский струсил и выбрался поскорее из Москвы в свою вотчину, настращав царевну при отъезде из Москвы преступными замыслами Хованского.