Он необыкновенно развил благотворительную и патриотическую деятельность своего славного монастыря. Братия монастыря призревала больных и раненых, хоронила умерших, одевала и кормила бедных, собирая их отовсюду, где только могла найти. Для того, чтобы обеспечить безопасность в смутное время себе и своим призреваемым, монастырь должен был просить защиты и помощи у казачьих бояр Трубецкого и Заруцкого (с которыми особенно был дружен известный келарь монастыря Авраамий Палицын). В то же время власти монастыря считали своим долгом нравственно действовать на народ, побуждая его соединиться против врагов веры и государства, против короля и поляков.
В монастыре составлялись грамоты, призывавшие города идти на помощь русскому войску, осаждавшему Москву, и выбить из столицы польский гарнизон. Монастырская братия не принимала во внимание, что русское войско под Москвою стало казачьим, воровским и враждовало с земщиной, разогнав из-под Москвы земских людей. Всех русских людей одинаково призывали монахи на подвиг за веру и отечество в своих отлично составленных, красноречивых грамотах. Посылая эти грамоты по всей земле, они думали всех примирить и снова объединить в одном патриотическом движении. Но не так думал патриарх Гермоген, живший в осажденном Кремле под стражею и угнетаемый поляками и изменниками за нежелание служить Сигизмунду. Он видел, что созванное им ополчение проиграло свое дело и распалось от казачьего воровства. Он знал, что казаки, имея в своих таборах Марину Мнишек, задумали воцарить в Московском государстве сына ее Ивана, называемого «Воренком». Считая казачье воровство и самозванщину главным злом, патриарх всеми средствами, как только мог, учил русских людей не верить казакам и бороться с ними как с лютыми врагами. Когда к нему проникали его почитатели за благословением и поучением, Гермоген устно передавал им свою мысль о необходимости борьбы с казачеством. Когда было можно, он писал грамотки о том же в города. Сохранилась такая его грамотка, посланная к нижегородцам.
Итак, в дни общего уныния и растерянности духовенство подняло свой голос и громко звало к борьбе за родину. Города, разобщенные друг от друга и лишенные всякого иного руководства, кроме увещаний духовных отцов, вступали в сношения между собою, посылали друг другу разные вести, отправляли из города в город послов для общего совета. Ждали, кто возьмет на себя почин объединения земских сил. Почин взяли, наконец, нижегородцы. В главе их городской общины, как и везде, стояли земские старосты. Один из них, Козьма Минин Сухорук, отличался громадным умом и железной энергией. Под влиянием грамотки Гермогена он начал дело народного объединения тем, что предложил своим согражданам собрать казну и на нее устроить войско.