Посоветовавшись, они подали царю жалобу на Никона, и притом не только на его отдельные распоряжения, но вообще на его направление, по их мнению, неправославное и ненародное. Никон очень разгневался на своих старых приятелей и нашел случай удалить их из Москвы (сослав Аввакума в Тобольск, а Неронова в Вологодский край). Но их протест не остался без влияния на дальнейший ход исправлений.
Патриарх понял, что лучше действовать соборным приговором, чем личною властью. В 1654 г. он созвал в Москве собор московского духовенства и представил ему на утверждение все предположенные им исправления. Собор их одобрил и утвердил. Лишь один архиерей (епископ Павел Коломенский) решился не вполне согласиться с соборным приговором. Никон лишил его сана и заточил. Но его противоречие показало Никону, что авторитета местного русского собора недостаточно для того, чтобы добиться беспрекословного повиновения его мерам. Поэтому Никон тотчас же после собора в 1654 г. обращается к восточным патриархам с просьбою рассмотреть на соборе дело исправления московских богослужебных книг и обрядов и дать ему свое одобрение. В следующем году (1655) Цареградский патриарх прислал в Москву свой ответ, от имени всей Греческой церкви одобряя и утверждая все намеченные Никоном исправления. Таким образом, реформа, начатая Никоном единолично, постепенно получила характер междуцерковный, стала совершаться с благословения и одобрения как бы всей православной Греко-русской церкви. Этим самым делу исправления книг и обрядов была придана чрезвычайная, по существу дела излишняя, торжественность и важность. Русское домашнее дело решалось с участием чужих людей и чужой власти, и Московская церковь становилась как бы в подчинение Греческой. Именно это и не нравилось многим московским патриотам.
Пока дело исправления вел сам Никон, оно шло быстро и решительно. Книги исправлялись, печатались и рассылались по епархиям. Патриарх требовал, чтобы в церквах, по получении новоисправленных книг, начинали немедленно служить по новым книгам, а старые откладывали и прятали. Вместе с книгами вводились и исправленные обряды; Никон следил за их точным исполнением, в особенности же за соблюдением троеперстия. Но сам Никон вел дело исправления не более пяти лет. С того же времени, как он оставил патриаршество (1658), дело перешло под руководство заступившего его викария (митрополита Крутицкого Питирима). Не стало более такой ревности к делу, каким отличался Никон; работы на Печатном дворе пошли тише. С другой стороны, все враги Никона и его церковных «новшеств» оживились и не скрывали надежды, что удастся вернуть церковь к старому благочестию и уничтожить дело Никона. В самой Москве действовали против реформы возвратившиеся из ссылки Неронов и Аввакум.