Сам Иван успокаивал мятежников, говоря, что его никто не изводит и что ему не на кого жаловаться. Однако стрельцы не успокоились, вломились во дворец и на глазах у царской семьи зверски убили Матвеева и многих родственников царицы Натальи. Они разошлись и по всей Москве, везде муча и убивая обреченных на погибель бояр. То же продолжалось и на другой и на третий день, пока не были избиты все «изменники». Затем мятежники стали устраивать порядок в государстве по-своему. Себе они обеспечили безнаказанность, потребовав, чтобы в память их подвига против «изменников» был поставлен на площади особый «столп» (памятник), прославлявший их убийства. Далее они требовали, чтобы царевич Иван царствовал вместе с братом Петром и чтобы за несовершеннолетних братьев правила государством царевна Софья (а не царица Наталья). Все это было исполнено. Наступило двоецарствие и началось правление Софьи с Милославскими. Все их недруги и противники были избиты или сосланы; все высшие должности были в их руках. Над стрелецким войском вместо убитого князя Ю Долгорукова был поставлен их друг князь Ив. Андр. Хованский.
Сторона Милославских добилась, таким образом, полного успеха. Однако успокоения в Москве не наступило. Некоторые ревнители «старой веры» сообразили, что и им можно попробовать воспользоваться возбуждением стрельцов и с их помощью попытаться отменить Никоновы новшества. В стрелецких слободах начались проповеди и поучения; стрельцов всячески возбуждали вступиться за старую веру. Хованский держал себя двусмысленно и как будто даже поддерживал староверов. С его помощью, по просьбе стрельцов, летом 1682 г. в Грановитой палате (§ 49) устроено было торжественное собрание духовенства, в присутствии царей и правительницы, для прений о вере. Расколоучители (между которыми всех виднее был священник Никита, прозвищем Пустосвят) вели себя очень уверенно, даже дерзко. Конечно, в одном собрании нельзя было решить сложный вопрос о сравнительном достоинстве старого и нового обряда. Однако староверы, выйдя из Грановитой палаты, кричали на улицах, что они победили, и приглашали народ креститься двумя перстами. Соблазн был очень велик, и правительница Софья упросила стрелецких офицеров переловить расколоучителей; некоторых из них (Никиту) даже казнили. Движение было, таким образом, подавлено, и вопрос о вере заглох. Но поднялась новая тревога. По Москве пошел слух, что князь Хованский сам замышляет переворот с помощью своих стрельцов. Рассказывали, что он хочет погубить царей и Софью и сесть на Московское царство. Хованский действительно держал себя бестактно, делая вид, что он один только и может управиться с буйными стрельцами и поддерживать в Москве порядок.