По жалобе епископа Георгия Конисского Екатерина решилась поднять свой голос в защиту православных в Польше и Литве. Только, по соглашению с прусским королем, она сделала это в общей форме ходатайства о даровании равноправия с католиками всем диссидентам (и православным, и протестантам). Сейм отнесся к вопросу с чрезвычайной нетерпимостью и отказал в даровании прав диссидентам.
Тогда императрица Екатерина прибегла к очень решительному средству: она указала князю Репнину постараться о том, чтобы православная и протестантская шляхта составила конфедерации для защиты своих прав. Репнину удалось устроить три конфедерации: православную, протестантскую и третью — из католиков, склонных поддержать диссидентов. Однако это мало повлияло на сейм: сейм не оставил своей нетерпимости. Тогда князь Репнин прибег к прямому воздействию силой. Русские войска были введены в Варшаву, и Репнин потребовал от короля ареста католических вожаков сейма. Эти вожаки были схвачены и увезены в Россию (в их числе были два католических епископа). Сейм сдался и уступил. Особым законом (1767) было поставлено, что диссидентская шляхта уравнивается с католической во всех правах, но католичество остается господствующим исповеданием и король может быть избран только из католиков. То была очень крупная реформа. Ее исполнение было обеспечено в 1768 г. особым трактатом Речи Посполитой с Россией, по которому императрица Екатерина обещала в будущем охранять без всяких изменений государственный строй Польши и Литвы. Это обещание императрицы устанавливало как бы протекторат России над Речью Посполитой: Россия получала право надзора над внутренней жизнью соседнего государства.
Таким образом, императрица Екатерина совершила целый переворот в политических и религиозных отношениях польско-литовского общества. Нельзя было думать, чтобы народ-шляхта мог легко примириться с насильственным воздействием на сейм и короля. Действительно, в Польше образовался ряд конфедераций (с центром в городе Баре) «за веру и свободу», то есть в защиту умаленных прав католической церкви и сейма и против покровительства России. В борьбе за свои права «барские» конфедераты не щадили православного народа и вызвали против себя «колиивщину» — восстание так называемых «гайдамаков». (Прозвище гайдамаков носили тогда бродячие разбойничьи дружины крестьян, «казаковавших» в Правобережной Украине, по примеру казаков XVI–XVII ст.) Гайдамаки, как и шляхта, встали за свою «веру и свободу» и с необыкновенной жестокостью начали громить ксендзов, шляхту и евреев, уничтожая целые города (г. Умань был поголовно вырезан гайдамаками под начальством казаков Железняка и Гонты). В Польше началась ужасающая смута (1768).