При ней попали в тюрьму ее собственный дядя князь Михаил Васильевич Глинский и дяди великого князя, князья Юрий и Андрей Ивановичи, так как они казались опасными для правительницы. Они все трое умерли в заключении. Недолго прожила и сама Елена. Говорят, что ее отравили недовольные ее бояре (1538).
По смерти матери Иван остался всего семи с половиной лет, а его брат пяти лет. Близких родных у детей не было, потому что они, как сказано, умерли в тюрьмах; остался только двоюродный брат Ивана, маленький сын князя Андрея, Владимир, князь Старицкий. Малолетний великий князь Иван был, таким образом, круглым и беззащитным сиротой. В старину за малолетних московских князей правили бояре с митрополитом (так, например, было в детстве Дмитрия Донского). И при Иване IV стали править бояре. Но в старину бояре и митрополит «прямили» своим князьям и соблюдали их интересы. А при Иване IV бояре были уже иные. Во главе правления самовластно стали знатнейшие Рюриковичи — князья Шуйские; у них затем отнял власть князь Бельский, а у Бельского снова отбили ее Шуйские. Во время смут бояре не щадили ни великого князя, ни митрополитов. Они не оказывали Ивану никакой любви и почтения, врывались в его покои со своими ссорами и драками. Митрополитов они сменяли, насильно сгоняя с митрополии (согнали Даниила, за ним Иоасафа). Удержался только вызванный на митрополию из Новгорода новгородский архиепископ Макарий, человек большого ума и такта. К народу бояре относились, «как львы», по тогдашнему выражению, грабя и обижая, вместо того, чтобы управлять «вправду».
Вот в какой обстановке вырастал Иван IV. Он не видел добра и любви от бояр. Они только во время церемоний, на глазах народа, оказывали ему знаки внешнего почтения как великому князю. А в обычной жизни Иван и брат его росли, по словам самого Ивана, как самые убогие люди («яко убожайшая чадь»). Их, своих государей, бояре даже не кормили вовремя, плохо одевали и всячески обижали. Государи играли в комнатах своего отца, а Шуйский, например, разваливался на лавке, положив свою ногу на постель великокняжескую. Это непочтение страшно обижало маленького Ивана, так же, как сердило его открытое хищничество Шуйских, тащивших из дворца к себе всякую «кузнь» (золото и серебро) и «рухлядь» (меха и ткани). Мальчик озлоблялся и, не видя доброго воспитания, сам поддавался дурным чувствам.