Но Борис, бывший в то время у своей сестры в Девичьем монастыре, решительно отказался. Необходимы были особенные меры, чтобы понудить его послушаться соборного прошения: был составлен крестный ход в Девичий монастырь, и патриарх объявил Борису, что в случае его дальнейшего отказа духовенство затворит все церкви и прекратит богослужение. Тогда только Борис согласился, а его сестра, бывшая царица, благословила брата на царство. Хотя, таким образом, избрание Бориса было всенародным и вполне законным, однако шла молва, будто он тайно прибегал к подкупам и угрозам, чтобы обеспечить себе престол. Ему, конечно, легко было влиять на избирателей, так как он много лет стоял во главе правления, знал все дела и отношения и везде имел преданных себе чиновников и агентов. Но вместе с тем современники говорили, что Бориса избирали не только из боязни, но видя его «разум и правосудие», зная его «крепкое правление», то есть оценив его правительственные способности и заслуги.
Согласившись в феврале 1598 г. принять престол, царь Борис венчался на царство только 1 сентября — лишь тогда, когда убедился в прочности народного избрания. С такою же осторожностью он держал себя и в дальнейшее время. Боясь покушений на свою власть, он воспользовался первыми предлогами для того, чтобы устранить подозрительных для него бояр. При царском избрании 1598 г. беспокойно держал себя боярин Богдан Бельский, желавший будто бы захватить престол для себя; Борис в 1600 г. сослал его в далекое Поволжье. Действительным соперником Бориса в 1598 г. был боярин Фёдор Никитич Романов, стоявший во главе знатной и популярной боярской семьи. В 1600–1601 гг. Борис, воспользовавшись каким-то доносом, отдал всех Романовых под суд по обвинению в злоумышлениях на государя. Романовы (пять братьев) были сосланы на далекий север, а старший из них Федор и его жена были, сверх того, пострижены в монашество (он с именем Филарета, она с именем Марфы) и посланы в глухие северные монастыри под строгий надзор. Знатнейших княжат Шуйских (из Рюриковичей) и Голицыных (из Гедиминовичей) Борис держал далеко от Москвы на воеводствах, как бы в постоянном подозрении и под страхом доносов, которые при Борисе были вообще в ходу. Немудрено, что боярство не любило Годунова и считало Бориса прямым продолжателем Грозного с его опричниною и гонением на знать.
В управлении государством Борис продолжал делать то, что делал он при царе Федоре: всеми мерами стремился к восстановлению народного благосостояния, потрясенного в эпоху Грозного. Он уклонялся от внешних столкновений, не желая втягивать государство в новые войны. Он заботился об укреплении правосудия и справедливости и желал истребить лихоимство и самоуправство и оградить мирное население от насильников.