Такие же мощные подвалы были и под церковью Иоанна Предтечи на Бору. Эта церковь была снесена до основания в 1847 г. При расчистке фундамента было найдено древнее кладбище. Подвалы же были много глубже кладбища, и теперь они могут находиться в 8—10 м от поверхности земли. В настоящее время на месте снесенной церкви находится проезжая дорога и площадь.
Восстановим хронологию событий, связанных с библиотекой московских князей и Ивана Грозного. Известно, что в 1472 г. в Москву, в Кремль, прибыл обоз невесты Ивана III.
С собой она привезла 70 возов приданого. В этом обозе были и книги, числом до 800 штук. (Согласно весьма подозрительному списку проф. Дабелова.) По прибытии в Кремль Софья поселилась во дворце-тереме рядом с церковью Иоанна Предтечи. Здесь она была выстроена совсем недавно — в 1461 г., на месте старой, деревянной. Жилые покои князя находились совсем недалеко, около церкви Спаса на Бору. Рядом стояла и церковь Рождества Богородицы. Эта церковь служила домовым храмом княгинь и царевен. Как бы под ней, т.
е. уже почти погрузившись в землю, стояла церковь Святого Лазаря. Этот небольшой храм был выстроен еще во времена Ивана Калиты из каменных блоков, которые добывали в Дорогомилове. Камень был настолько тверд и плотен, что через него не просачивалась вода.
Церковь Рождества Богородицы была выстроена в 1396 г. А в 1480 г. эта церковь, надстроенная над храмом Святого Лазаря, внезапно обрушилась и находилась в таком положении до 1514 г.
Сам Иван III умер в 1505 г., и на престол встал его сын — князь Василий III.
Если он и знал про библиотеку своего отца, то не предпринял для ее спасения ничего, так как был не в ладах с отцом и жил со своей семьей отдельно. Те же, кто был более осведомлен об этом вопросе: сама Софья, ее брат Андрей и прочие, уже умерли и не могли ничего сообщить о ее местонахождении.
В 1514 г. князь Василий решил восстановить церковь Рождества Богородицы. Началось строительство под руководством архитектора Алевиза Фрязина. Во время восстановительных работ были обследованы и подвалы церкви Святого Лазаря, засыпанной обломками.
Тогда же были обнаружены и глухие сводчатые подвалы, где находились сложенные в лари древние книги, лежавшие там без всякой надобности. Книги были в страшной пыли, они ведь хранились не в сундуках, а открыто. Но они были целы, так как в подвале было сухо, и лишь с потолка сыпалась сероватая каменная пыль. Книг было очень много, поскольку там они собирались со времен Дмитрия Донского.