Он имел удивительно величавый вид и был совершенно лишён ребяческих ужимок. В день своего рождения он уже говорил чисто и чётко на языке Амдо и, хоть и не был склонен к многословию, рассуждал на такие серьёзные темы, как происхождение вселенной и судьба человечества. В возрасте трёх лет Цонкапа объявил о своём решении отречься от мира и посвятить себя религиозной жизни. Его мать, полностью одобрившая это решение и убеждённая в том, что её сыну суждено заниматься каким-нибудь святым делом, сама обрила его голову и выбросила длинные гладкие волосы из шатра. Согласно некоторым рассказам, из его волос тотчас же выросло дерево, источавшее тонкий аромат. Это священное дерево Кумбум, которое впоследствии исследовал Хук. На поверхности каждого листочка этого дерева были знак или буква тибетского алфавита.
Ещё будучи маленьким мальчиком, Цонкапа уходил даже от своей семьи и искал уединения в самых диких и безлюдных уголках гор. Там проводил он дни и ночи в молитвах и размышлениях о вечных тайнах жизни. Его посты были частыми и долгими, и дух его был столь благочестив, что он никогда не причинил вреда даже ничтожнейшему насекомому и не ел никакой мясной пищи.
И именно в то время, когда он исповедовал столь строгий аскетизм, и случилось в высшей степени удивительное событие. Путешествовавший по земле Амдо странный лама из «одной из самых дальних областей Запада» попросил приюта у доброго пастуха, жившего в чёрном шатре. Согласно старинным свидетельствам, этот лама из западных областей был примечателен не только своей учёностью, которая выходила за пределы всяческого человеческого разумения, но ещё и своей странной внешностью. У него был огромный нос, а глаза светились сверхъестественным огнём. Цонкапа, покорённый знаниями и святостью необычного гостя, бросился к ногам ламы, умоляя того стать его учителем.
Аббат Хук, чей ум естественно был склонен к христианским теологическим спекуляциям, размышляет об этом таким образом: «Возможно, и нет достаточных оснований полагать, что этим чужестранцем с большущим носом был европеец, один из тех католических миссионеров, которые именно в это время проникали в таких количествах в Верхнюю Азию. Нет ничего удивительного в том, что ламаистские предания сохранили воспоминание об этом европейском лице, тип которого так отличается от азиатских. Пока мы жили у Кунбума, нам не раз доводилось слышать замечания лам относительно своеобразия наших лиц и откровенные высказывания о том, что мы из той же страны, что и учитель Цонкабы (Tsong-Kaba)». Было бы неестественно, если бы добродетельный аббат предположил, что этот западный лама мог с таким же успехом прибыть и из некоторых районов Индии, где также преобладают правильные или орлиные черты лица.