Наградой, которой он добился, стало вычёркивание его имени из списка миссионеров в Риме, а его книга была включена в «Index Expurgatorius»[108], когда он указал на сходство между ламаистскими обрядами, введёнными Цонкапой, и обрядами, отправляемыми римско-католической церковью. Он был временно отстранён от миссионерской деятельности за избыток рвения и искренность. Ниже приводится одно из типичных утверждений, которые осложнили жизнь этого действовавшего из лучших побуждений лазариста[109]:
«При самом поверхностном рассмотрении реформ и новшеств, введённых Цонкабой в ламаистское богослужение, остаётся только поражаться их сходству с католицизмом. Крест, митра, далматик[110], риза, которые Великие Ламы носят во время своих поездок или когда отправляют какой-нибудь обряд вне храма; служба с двумя хорами, пение псалмов, изгнания нечистой силы, кадило, подвешенное на пяти цепях, которое вы можете открыть или закрыть по желанию; благословения, даваемые ламами простиранием правой руки над головами верующих; чётки, священнический обет безбрачия, духовное уединение, поклонение святым, посты, религиозные процессии, литании, святая вода — всё это похоже у буддистов и у нас. Ну что, можно ли утверждать, что у этого сходства христианский источник? Мы думаем, да. Мы действительно не обнаружили ни в традициях, ни в памятниках страны никаких несомненных доказательств их заимствования, однако есть полное основание выдвинуть предположения, обладающие всеми признаками явного правдоподобия».
Цонкапа дожил до всеобщего одобрения народом его реформ и нововведений. В 1409 году он основал монастырь Ганден (Гадэн) примерно в тридцати милях от Лхасы и стал первым настоятелем этой большой обители.
Он написал, перевёл и собрал множество религиозных текстов, преобразовал ритуалы более старых сект, сделав особый упор на мистическом содержании, наложил строгие ограничения на колдовские ритуалы, которые практиковала секта бон, и выступил поборником строгого соблюдения обычаев, включая пост, длительные периоды уединения для развития духовных способностей и высокий уровень личных моральных качеств для духовенства. Его называли Лютером ламаизма. О его личной жизни, как ни странно, известно очень мало, хотя его личность окружена обычными фантастическими легендами, коими ламаистские писатели вечно украшают своих святых. Почти в конце жизни Цонкапа выбрал своими преемниками двух достигших наибольших успехов учеников. Он покинул этот бренный мир в 1419 году от рождества Христова и, по утверждению своих последователей, достиг нирваны. Его канонизировали.