Единственное спасение Балтийскому флоту в 1941 году — всеми силами защищать Ленинград и Кронштадт.
Серьезность положения понимали все. Без подсказок Жукова. Потому задолго до Жукова в Ленинград прибыл нарком ВМФ адмирал Н.Г. Кузнецов. Почти постоянно в Кронштадте и Ленинграде находился первый заместитель наркома ВМФ, начальник главного морского штаба адмирал И.С. Исаков. Главная их забота — удержать Ленинград. Без Ленинграда самый мощный из четырех сталинских флотов погибнет. Вот почему по приказу адмирала Кузнецова немедленно после прорыва из Таллина все силы Балтийского флота были нацелены на подготовку отражения возможного штурма Ленинграда. Уже в тот же день, 29 августа, командующий артиллерией Балтийского флота контр-адмирал И.И. Грен отдал приказ о приведении всей корабельной артиллерии в готовность к немедленному открытию огня по береговым целям по первому требованию армейского командования. А береговая артиллерия флота такой приказ получила раньше. Как только противник появился, артиллерия флота открыла по нему огонь. Это случилось 30 августа. В этот день корабли на Неве и орудия Морского полигона в районе Ржевки по требованию армейского командования 28 раз открывали огонь по береговым целям, выпустив 340 снарядов калибром от 130 до 406-мм. На следующий день огонь флотской артиллерии был еще более интенсивным. 1 сентября противник вышел в зону действий береговых батарей форта Красная Горка и попал под убийственный огонь его 305-мм орудий.
Об участии флота в защите Ленинграда создан мощный пласт литературы. Расписано и объяснено, почему линейный корабль «Марат» стоял в ковше Морского канала, а «Октябрьская революция» — на позиции против Стрельны, почему крейсер «Максим Горький» занимал позицию у Хлебного мола, а недостроенный крейсер «Петропавловск» — в районе Угольной гавани. Растолковано и обосновано положение каждого корабля. Учтены все стрельбы, проведенные кораблями, береговыми стационарными и железнодорожными батареями флота, указаны цели, расход боеприпасов и результаты огневых налетов.
Особое внимание командование флота уделило вопросу создания оборонительного рубежа на Неве. Был сформирован отряд кораблей в составе двух новейших эсминцев, четырех канонерских лодок, двух торпедных и двенадцати сторожевых катеров, трех сторожевых кораблей, четырех бронекатеров и плавучей батареи. Этот отряд под командованием капитана 1 ранга В.С. Черокова занял позиции между Смольным и Усть-Ижорой. Кроме того, еще в августе в район Невской Дубровки были переброшены шесть батарей, укомплектованных матросами и вооруженных снятыми с кораблей 120-мм и 180-мм орудиями. Там же заняла оборону 4-я бригада морской пехоты.