В результате этого «дворцового переворота» к власти пришло новое правительство, в состав которого вошли бояре Б.И. Морозов, Г.Г. Пушкин, М.М. Салтыков, Л.С. Плещеев, П.Т. Траханиотов и другие представители родовой аристократии и столичного дворянства. Многие из них были повязаны различными родственными узами, как, например, Борис Иванович Морозов, Леонтий Степанович Плещеев и Петр Тихонович Траханиотов, которые приходились родней царскому тестю, боярину Илье Даниловичу Милославскому.
Вскоре новое правительство выступило с обширной программой «либеральных» экономических реформ, которая предусматривала отмену «урочных лет», ликвидацию «белых слобод», введение косвенных податей, сокращение расходов на государственный аппарат и т.д. В феврале 1646 г. по инициативе Б.И. Морозова, Н.И. Чистого и А.И. Чистого вместо ряда прямых налогов, в частности «стрелецкой» и «ямской » деньги, был введен косвенный налог на соль. Однако уже в декабре 1647 г., не оправдав надежд правительства, «соляная деньга» была отменена, и правительство решило взыскать двухгодовую задолженность за отмененные ранее подати, что имело самые печальные последствия для творцов этого решения.
1 июня 1648 г. во время возвращения царя с традиционного богомолья из Троице-Сергиева монастыря толпа москвичей попыталась передать Алексею Михайловичу челобитную с просьбой об отставке и наказании главного мздоимца, главы Земского приказа Леонтия Степановича Плещеева. Челобитчики были разогнаны стрельцами, и тогда 2-3 июня 1648 г. разъяренная толпа москвичей ворвалась в Кремль и начала крушить дворы Б.И. Морозова, П.Т. Траханиотова, Г.Г. Пушкина, М.М. Салтыкова, В.Г. Шорина и других членов правительства. Во время погрома был убит дьяк приказа Новгородской чети Назарий Иванович Чистой. Как установил профессор П.П. Смирнов, автор известной работы «Посадские люди и их классовая борьба до середины XVII века» (1947), этот погром целенаправленно осуществлялся под руководством дворовых людей дядьки царя боярина Н.И. Романова и князя Д.М. Черкасского, т.е. партии аристократов, отстраненной от власти в 1645 г.
В доказательство этого предположения зримо говорит тот факт, что вечером 3 июня переговоры с восставшими вели именно Н.И. Романов и Д.М. Черкасский, которые приняли от них петицию с требованием расправы над ключевыми членами правительства. Итог этих переговоров оказался плачевен для «власть предержащих» бояр: глава правительства боярин Б.И. Морозов был сослан в Кирилло-Белозерский монастырь, судью Земского приказа думного дьяка Л.С. Плещеева отдали на растерзание восставшей толпе, а глава Пушкарского приказа окольничий П.Т. Траханиотов был обезглавлен на Красной площади в Москве.