Согласно своему «лексикону» эта академия, расположенная на территории Заиконо-Спасского монастыря, открывалась для людей «всякого чина и сана» и предназначалась для подготовки высшего духовенства и дьяков государевых приказов, поэтому первыми ее учениками стали выпускники двух школ — при московском Печатном Дворе и Богоявленском монастыре. Эта академия была построена по образцу европейских учебных заведений, где помимо традиционного набора учебных предметов — богословия, грамматики, пиитики, риторики и различных языков, преподавались физика, диалектика и философия, что вызвало особую неприязнь у ревнителей древней старины.
В 1694 г. благодаря интригам и наветам иерусалимского патриарха Досифея II, братья Лихуды вынуждены были покинуть Москву и перебраться в Новгород, а академию возглавили их ученики Николай Семенов и Федор Поликарпов. В 1699 г. был назначен новый ректор академии, первый русский доктор философии и доктор богословия, игумен Заиконо-Спасского монастыря Палладий Роговский. Значительно позднее на базе этой академии будет создана Московская Духовная академия.
4. Научные знанияВ XVII веке произошел заметный рост интереса наших предков к разнообразной научной литературе эпохи европейского Возрождения с ее рациональным подходом к объяснению многих природный явлений. В этот период в России появляются первые переводы целого ряда научных трактатов известных европейский авторов, в частности Андрея Везалия «О строении человеческого тела» (1543) и Яна Гевелия «Селенография, или Описание Луны» (1647), оказавших существенное влияние на формирование и распространение научных знаний в России.
В 1620-х гг. вышло в свет и несколько оригинальных научных трактатов, в том числе «Устав ратных, пушечных и других дел, касающийся до воинской науки» (1621), автором которого был Онисим Михайлов (Радышевский), и анонимная «Книга сошного письма» (1629). Первый трактат, основанный на существенно переработанной работе немецкого ландскнехта Леонарда Фронсбергера «Военная книга» (1573), содержал различные сведения об организации регулярной армии, о значении артиллерии и устройстве артиллерийских орудий, о приемах ведения боевых действий и т.д. Кроме того, здесь содержались практические сведения из различных областей научных знаний — геометрии, механики, физики и химии. В частности, «Устав» подробно рассматривал проблемы баллистики и прикладной химии, прежде всего, рецепты варки селитры и изготовления «порохового зелья». А второй трактат был предназначен для обучения важным математическим манипуляциям: измерению площадей, извлечению квадратных и кубических корней и их практического применения к исчислению двух окладных единиц — сох и вытей, с учетом качества «доброй, средней и худой земли».