Во-первых, он не разделял хрущёвских игр в «демократию», а во-вторых, «видя негативные последствия скороспелых, непродуманных и часто наносивших вред» решений как в сфере экономики, так и в области внешней политики, он по возможности стал «блокировать некоторые из них, а также более активнее проводить собственную политику».
Но увы, вечером 11 апреля 1963 года после напряжённого рабочего дня, когда ему пришлось в очередной раз вести заседание Президиума ЦК, у Ф.Р. Козлова случился тяжёлый геморрагический инсульт правого полушария головного мозга с левосторонним параличом. Болезнь не только поставила крест на политической карьере этого незаурядного человека и руководителя, но и вызвала кардинальные перестановки в Президиуме ЦК, что в конечном счёте отразилось на всей дальнейшей политической истории страны. Поначалу сам Н.С.Хрущёв, все ещё надеясь на выздоровление Ф.Р.Козлова, лишь временно передал обязанности второго секретаря ЦК Л.И.Брежневу, который в июне 1963 года на Пленуме ЦК вновь был возвращён в Секретариат ЦК. Причём, как считает А.В. Сушков[900], «временность» такого положения Л.И. Брежнева подчёркивалась тем, что он был оставлен на посту председателя Президиума Верховного Совета СССР, который очень импонировал его артистической натуре своим пышным церемониалом. На том же Пленуме на третью позицию в Секретариате ЦК был переведён Н.В.Подгорный, который уступил свой пост Первого секретаря ЦК Компартии Украины новой хрущёвской креатуре — Петру Ефимовичу Шелесту, бывшему до этого «рядовым» секретарём ЦК КПУ по промышленности и строительству. В результате этого М.А. Суслов лишился полномочий «третьего» секретаря ЦК, в связи с чем его влияние в высшем руководстве страны ещё более ослабло.
Надо сказать, что в исторической литературе существуют и другие трактовки этих событий. Например, Р.А. Медведев[901] уверял, что болезнь Ф.Р.Козлова носила чисто «дипломатический характер» и он был устранён от власти самим Н.С.Хрущёвым за то, что в феврале или в марте 1963 года возглавил какую-то внутрипартийную фронду его политическому курсу. Однако о какой фронде идёт речь и в чём, собственно, состояло её противостояние с Н.С.Хрущёвым, он так и не пояснил. Другой известный спец по хрущёвской эпохе, профессор Ю.В.Аксютин[902], не ссылаясь на конкретные источники, уверяет, что якобы Л.И. Брежнев отнёсся к своему новому назначению «очень болезненно», как и Н.В.Подгорный, который «был недоволен своим перемещением в Москву», поскольку «на Старой площади он оказался на положении… помощника и слуги». Сам же Н.С.Хрущёв якобы вполне сознательно пошёл на этот шаг, рассчитывая «на известное соперничество между ними».