Прошло несколько десятилетий, и новая волна ереси пришла из Новгорода. Её называли ересью жидовствующих, потому что первыми её распространителями были приехавшие из Киева евреи.
Еретики отрицали божественное происхождение Иисуса Христа и говорили о его человеческой сущности, отвергали почитание икон, монашество, поклонение святым. Их взгляды нашли поддержку не только среди простого народа, но и некоторой части духовенства, бояр, дьяков и даже людей, близких к Ивану III.
Поначалу Иван III не вмешивался в религиозные споры и даже сочувственно относился к еретикам, поскольку те, обличая церковь, поддерживали великокняжескую власть и наносили удар по особому положению церкви в государстве. Также лояльно поначалу Иван III воспринял и рассуждения так называемых нестяжателей — заволжских старцев, т. е. монахов, живших в скитах, в отдельных лесных избушках. Нестяжатели проповедовали уход от мира, отказ от приобретения церковниками богатств, земельных владений. А жить нужно, считали они, на подаяния прихожан и заработанное личным трудом. Только таким путем можно очиститься душой и достигнуть на том свете спасения.
В борьбе с церковным землевладением, всевластием усиливавшейся церкви Иван III использовал эту критику со стороны нестяжателей. Их яростным противником выступал игумен подмосковного Волоколамского монастыря Иосиф, поэтому его сторонников стали называть осифлянами. Они доказывали, что монастыри нуждаются в землях, в крепком хозяйстве. Только опираясь на хозяйственную мощь, они могут в религиозном отношении влиять на общество.
На первых порах казалось, что при сочувствии великого князя еретики и нестяжатели возьмут верх над официальной церковью.
Но Ивана III мало заботили религиозные и нравственные вопросы. Главным для него было усиление центральной власти, собственного единодержавия. Используя ситуацию, великий князь предпринял, как уже говорилось, ограничение церковного землевладения, различных льгот церкви. После этого он как и прежде был намерен использовать церковь, её религиозную проповедь в интересах развивающегося государства. Ведь еретики могли полностью подорвать его идеологические устои. Началось преследование еретиков в Новгороде и Москве, сторонники нестяжателей пошли в ссылку и на плаху. А скоро деревянные клетки с еретиками запылали на льду Москвы-реки и Волхова. Никогда ещё Русь не видела столь ужасных казней. Церковь с лихвой отплатила своим противникам.
Церковь, несмотря на некоторые противоречия с великокняжеской властью, продолжала всячески возвышать Русское централизованное государство. Именно в церковной среде в начале XVI в. сложилась теория «Москва — Третий Рим».