Существовала и Боярская дума как высокий совещательный орган при царе, а потом появился даже Земский собор. Все это противоречило идее Ивана Грозного о том, что он один является носителем неограниченной самодержавной власти в стране."
"Некоторые князья и бояре выражали недовольство, что царь стал обращаться с ними, как с холопами. Ответом стали казни и опалы.
Положение осложнялось тем, что в ходе долгих войн, увеличения и перевооружения армии страна быстро разорялась, новые военные налоги тяжким бременем легли на плечи крестьян и горожан, среди которых начались ропот, недовольство. Многих из них царские слуги арестовывали, подвергали пыткам и казням.
Вновь ожили ереси. В то время как церковь твердила о богоизбранности православных русских, один из них, холоп Феодосии Косой, проповедовал равенство всех людей, народов, вер, общность имущества, неповиновение властям. Еретиков осуждали на церковных соборах, ссылали в дальние монастыри, казнили «лютой смертью». Многие из них, в том числе Косой, бежали за границу, где было свободнее и безопаснее.
В дополнение к этому с 1564 г. русские войска стали вновь терпеть в Ливонии одно поражение за другим. Крымский хан предпринял несколько дерзких набегов на южные русские земли. Царь и его новые приближенные во всем обвиняли старое боярство, бывших помощников царя. Бегство бояр в Литву продолжалось. Наконец, летом 1564 г. в Литву бежал князь Курбский. Позднее историки обнаружили, что князь, имея сношения с польско-литовским королем, давно уже замышлял побег. Из Литвы Курбский прислал царю письмо с обвинениями в кровопийстве, насилии, гордыне. Он осуждал его самодержавные замашки, нежелание советоваться с боярами, с «всенародными человеки». По существу, Курбский выступал за те порядки, которые утвердились во времена Избранной рады. В своем ответном письме царь отмел все обвинения князя и в свою очередь говорил о злодеяниях бояр и защищал принципы самодержавной власти.
А в Москве Боярская дума и духовенство твердо и открыто требовали от царя прекращения казней и восстановления нормального порядка управления. На все это царь ответил неожиданно.
В воскресный день 3 декабря 1564 г. москвичи наблюдали странную и устрашающую картину. Из ворот Кремля выехала длинная процессия; царь со своей семьей, свитой, охраной. Такие выезды были и прежде, но этот отличался мрачностью, загадочностью. К тому же царь увозил с собой драгоценности, царскую казну, старинные иконы.
После месяца путешествия по Московскому уезду царь прибыл в Александрову слободу, где находился хорошо укрепленный царский дворец. Оттуда он направил письмо митрополиту, в котором сообщал, что оставил Москву из-за изменников.