По завету Ивана IV пятеро крупных деятелей Московского царства — его сподвижников и родственников должны были опекать болезненного и мало способного к управлению огромной страной Федора. Это были боярин Никита Романович Захарьин-Юрьев, князья Иван Мстиславский, Иван Шуйский, бояре Богдан Вельский и Борис Годунов. Это был, по существу, регентский совет. Вскоре его члены выступили против Вельского, пытавшегося вернуть опричные порядки.
Годунов начал оттеснять от власти членов совета одного за другим.
К 1588 г. все основные соперники Годунова повержены. Начинается десятилетие фактического правления Бориса. Царь жалует ему небывалый до той поры на Руси титул «правителя». В 1589 г. Годунов помогает своему ставленнику митрополиту Иову получить титул патриарха. Отныне усилившаяся русская церковь становится его прочной опорой.
Но будто злой рок преследует всемогущего боярина. И «урочные лета», окончательно сковавшие свободу крестьян, и законы против холопов 1597 г. народ, как и прежние беды, все чаще связывает с именем всесильного фаворита. К тому же народная молва обвинила Бориса Годунова в убийстве царевича Дмитрия, единственного оставшегося в живых, кроме угасающего Федора, сына Ивана Грозного.
Не принесла Годунову популярности и война со Швецией в начале 90-х гг. Он вместе с царем по примеру Грозного возглавил поход на Нарву. И хотя часть захваченных шведами земель Москва вернула (города Ивангород и Копорье) и получила балтийское побережье между устьями рек Невы и Наровы, но Нарву — основной русский порт в здешних местах взять не удалось. Мир со Швецией лишь отодвинул решающую схватку с ней на будущее.
Со смертью царя. Федора Иоанновича в январе 1598 г. противоречия между верхушкой боярства и Годуновым обострились ещё сильнее.
Борис поначалу стремился передать трон своей сестре — царице Ирине, благо наследников ни у Ивана IV, ни у Федора не осталось. Тем самым он хотел сохранить свою ведущую роль в государстве. Но Ирина правила страной лишь полторы недели и столкнулась с сильной оппозицией со стороны Боярской думы. Не выдержав борьбы за власть, она постриглась в монахини и поселилась в Новодевичьем монастыре. Трон снова оказался пуст."
"С этого часа Борис Годунов начал открытую борьбу за царский престол. Кто были его противники? На царскую корону мог претендовать старший из братьев Романовых Федор Никитич, а также дальний родственник Ивана III молодой Федор Иванович Мстиславский. Но никто из знатных князей и бояр в решающий момент не стал выдвигать на трон свою кандидатуру. Бояре, напутанные долгими десятилетиями деспотизма Грозного и не желая вновь оказаться под пятой тирана, сплотились и решили, что власть в стране следует передать Боярской думе.