Он пытался ввергнуть казаков в тягло (налоги, работы, включая труд на государственных пашнях), что вызывало в свободолюбивом казачестве резкие протесты.
Пробовал Борис навести порядок и в приказах. Особенно он обрушился на взяточничество. По существу, это был первый русский царь, который поднял руку на чиновников и судей-взяточников. Если во взятках уличали дьяка, то его возили по всему городу и секли плетью. При этом на грудь ему вешали мешок со взяткой, будь то деньги, меха или другой товар. Но взяточничество не уменьшалось. Мздоимцы только стали осторожнее, и цены на их услуги возросли. В лице приказного дьячества Годунов также приобрел злейших противников.
Не отличаясь хорошим образованием, Борис Годунов тем не менее был страстным поборником просвещения. Он высоко ценил западную культуру, любил беседовать с иностранцами, помогал им обустроиться в Москве. При нем расцвела немецкая слобода Кокуй, где была построена протестантская кирха. Этим он вызвал неудовольствие части православного духовенства. Годунов содействовал развитию в стране книгопечатания, строительству типографий в разных городах. Мечтал он о создании школ и даже об открытии университета на западный манер. Первым же из русских царей он стал посылать дворянских детей за границу для обучения разным наукам и ремеслам. Но из 18 посланных ни один не вернулся на родину, все решили остаться жить за рубежом.
Особой страстью нового царя стало строительство, в котором он видел прогресс страны. По его велению появились первые каменные торговые лавки в Москве и каменный мост через реку Неглинку. Дело его рук и постройка колокольни Ивана Великого, на которой до сих пор красуется надпись с именем Бориса Годунова. При нем были возведены астраханский кремль, много храмов и других сооружений. Заботился царь о благоустройстве столицы: прокладывали новые мостовые, а в Кремле соорудили первый водопровод. Воду из Москвы-реки подавали мощные насосы.
Отличался Годунов, как говорили тогда, нищелюбием. Он открывал богадельни для нищих, приказывал оделять бедных людей продовольствием, одеждой, деньгами.
В отличие от Ивана Грозного Годунов был хорошим семьянином, любил жену, обожал своих детей — сына Федора и дочь Ксению, дал им блестящее по тому времени образование. Он не терпел «винопития» и всякие низменные и жестокие забавы, вроде травли людей медведями, которыми услаждались представители элиты.
Казалось, он выполнял все обеты, данные при восшествии на престол. И действительно, страна постепенно стала возрождаться, успокаиваться. Настроение народа, особенно средних его слоев, к которым благоволил Годунов, менялось в пользу нового царя. Этому способствовала его манера общения с людьми: он всегда был ровен, приветлив, дружелюбен.