И русское правительство не могло не считаться с мощным, организованным, хорошо обученным войском и не раз прибегало к его помощи в войнах с соседями. Но с другой стороны, казаков трудно было держать в узде, и порой они своими набегами осложняли отношения России с южными соседями.
Со временем потомственные зажиточные казаки стали опорой царской власти в этом краю. Казацких атаманов с почетом принимали в кремлевских палатах. Беседовал с ними и сам царь.
Однако в 50–60-е гг. положение на Дону стало существенно меняться. В число казаков стало вливаться все больше беглых крепостных крестьян и посадских людей, спасающихся от крепостной неволи (после введения в жизнь Уложения 1649 г.), увеличившейся барщины, роста налогов. Их преследовали царские карательные отряды — ведь сыск беглых теперь был бессрочным и повсеместным. Но казачьи общества не выдавали беглецов: здесь, как и в Запорожской Сечи, действовал тот же обычай — «с Дону выдачи нет».
Но к середине 60-х гг. положение на Дону стало критическим. Здесь скопилось огромное количество беглых людей. И Алексей Михайлович издал указ — вернуть всех беглых назад. А в качестве предупреждения казакам ограничили подвоз из Москвы боеприпасов и продовольствия, стали стеснять их торговлю. Это привело к общему ухудшению положения на Дону.
В низовых донских станицах, где жило зажиточное «домовитое» казачество, положение было ещё терпимым. А в верховых городках, близких к московским границам, где собиралась «голь», «голытьба», или голутвенные казаки, как их называли, ситуация стала критической. Там находились сотни и тысячи беглых, обнищавших, голодных людей, они жили в землянках, питались кое-как, умирали с голоду. Среди этой-то «голытьбы» и возникли первые вспышки неповиновения властям.
В 1666 г. казацкий атаман Василий Ус повел несколько сот человек голытьбы на север к самой Москве, чтобы попроситься на службу великому государю. Но их не приняли и приказали возвращаться на Дон. Казаки дошли лишь до Тулы, а там к ним стали перебегать местные крепостные крестьяне и холопы. Скоро их войско составило несколько тысяч человек. Они начали громить помещичьи усадьбы, убивать помещиков и вотчинников, объявлять вольными местных людей. Лишь послав войска, царь смог помешать дальнейшему движению казаков в центр России. Они были оттеснены на юг, рассеяны. Многие закончили свой путь в застенках и на виселицах.
На следующий год новую казацкую ватагу стал собирать Степан Разин, в то время ему было 37 лет. Он принадлежал к домовитым казакам, входил в круг казацкого руководства. Не раз возглавлял походы донцов к крымским и турецким берегам. Побывал он и в составе казацких посольств в Москве.