Против таких методов реформирования церкви выступили прежние союзники Никона — «ревнители истинного благочестия», в том числе неистовый протопоп Аввакум. В своих страстных проповедях он стал обличать Никона за богоотступничество, насилие над людьми. В ответ Никон отправил Аввакума и других ревнителей в ссылку. В глазах староверов они обрели облик мучеников.
Царь поначалу занимал в этих спорах нейтральную позицию, полагая, что обновление церкви, совершенствование её нравственности для устраивающегося государства совершенно необходимо. Но деятельность Никона стала выходить за рамки чисто церковных дел. Пользуясь расположением царя, он сосредоточил в своих руках огромную власть. Когда Алексей Михайлович выезжал к действующим войскам на польскую границу, в Москве во главе правительства он оставлял патриарха. Никон стал активно вмешиваться в сферу управления страной, а вскоре начал обличать действия властей, направленные на ограничение прав церковного землевладения. В своих проповедях в Успенском соборе Кремля он стал рассуждать о преимуществе духовной власти над светской, «священства» над «царством», явно стремясь стать при обходительном и богомольном Алексее Михайловиче «московским папой». Назревала открытая борьба между царем и патриархом.
Окончательный разрыв между царем и Никоном произошел в 1658 г. Никон уехал в свой подмосковный Воскресенский монастырь, который гордо называл Новым Иерусалимом. Однако сан патриарха он с себя не сложил и ждал, что царь опомнится и призовет его в Москву. Но не тут-то было. Все высшее общество ополчилось против Никона за его властность и государственные амбиции, за то, что его резкие действия ввергли страну в раскол.
Борьба с Никоном длилась долго. И лишь в 1666 г. на общем Соборе вселенских патриархов, съехавшихся в Москву, он был лишен патриаршего сана. На Соборе было четко сказано, что царь имеет преимущество в делах гражданских, а патриарх — в церковных. Это был компромисс. Никону определили жить простым монахом в дальнем Ферапонтовом монастыре. Позднее его сослали ещё дальше, в Кирилло-Белозерский монастырь, где он и умер.
В Москве выбрали нового патриарха. Однако правительство продолжало дело совершенствования и обновления церкви. Как следствие, ширился раскол в русском обществе. Создавались раскольничьи поселения, в лесной глухомани возникали раскольничьи скиты. А когда войска подходили вплотную к церковным ослушникам, те сжигали себя, поднимая в предсмертных муках руку с двумя перстами. Такие самосожжения называли «гари». Немало их в XVII–XVIII вв. полыхало на Руси.
Со временем лидером раскола стал протопоп Аввакум, который теперь обличал не только Никона и «никониан», но и царя за проводимые реформы.