Ни о каком разделении властей здесь не было и речи. Среди обязанностей Сената были и такие: «Суд иметь нелицемерный и неправедных судей наказывать отнятием чести и имения», «Смотреть во всем государстве расходов», «Денег как возможно сбирать, понеже деньги суть артерия войны».
Но одновременно с новым высшим органом власти в стране, пришедшим на смену Боярской думе и полностью подчиненным царю, Петр ввел должности фискалов, начиная от обер-фискала Сената и кончая фискалами в других центральных учреждениях, а также на местах. Задача фискалов состояла в том, чтобы контролировать всю администрацию, выявлять случаи нарушения законов, взяточничества, казнокрадства. Они подчинялись непосредственно царю, но не получали жалованья, а существовали за счет сначала половины, а позднее одной трети конфискованного у взяточников и казнокрадов имущества. Понятно, что фискалы, поощряемые царем, проявляли в своем деле большую прыть."
"Был свой высокий контролер и над Сенатом — генерал-прокурор и его помощник обер-прокурор. Прокуроры имелись и в других учреждениях. Они являлись настоящим «оком государевым» и подчинялись лишь царю. Если генерал-прокурор усматривал в действиях Сената нарушение или нерадивость, то мог приостановить и опротестовать их. Первым генерал-прокурором Сената стал ближайший сподвижник Петра I, бывший свинопас, а позднее денщик царя Павел Иванович Ягужинский.
Начиная с 1711 г. вместо приказов стали постепенно вводиться так называемые коллегии. К 1720 г. их стало 11. Это были высшие распорядительные учреждения со строгим и четким разделением функций. В сфере деятельности каждой коллегии власть распространялась на всю страну. Так, армией занималась Военная коллегия, флотом — Адмиралтейская, международными делами — Иностранная. Выше уже упоминались Мануфактур- и Берг-коллегии, ответственные за развитие промышленности и горно-рудного дела. Финансами ведала Камер-коллегия, контролем за сбором и расходованием средств — Ревизион-коллегия, организацией и работой судов — Юстиц-коллегия, а торговлей — Коммерц-коллегия.
Каждая коллегия состояла из президента, вице-президента, советников и асессоров (от лат. «assessor» — «заседатель»). Они работали ежедневно. За свою работу члены коллегий получали жалованье и, таким образом, становились государственными чиновниками, полностью зависящими от царя. За работой коллегий, как и других учреждений в стране, также внимательно следили фискалы.
В 1721 г. Петр I учредил высший орган по управлению церковными делами — Синод. Это закономерный шаг. После смерти патриарха Петр оставил эту должность незанятой. Он не мог простить церковникам оппозиции в деле своих преобразований. Теперь Синод, по существу, стал духовной коллегией.