Не удалось астраханцам овладеть и крупными близлежащими городами, в частности Царицыном. В результате восстание сразу же оказалось изолированным, отрезанным от внешнего мира.
А к Нижнему Поволжью уже спешили войска Шереметева. Узнав об этом и испугавшись, часть астраханцев под воздействием уговоров митрополита послала ходоков к царю. Они повинились перед ним, просили о прощении. Петр в ответ отправил грамоту с увещеванием и обещал свою милость. Но карательные войска он не отозвал и тем проявил свою ненависть к повстанцам и коварство. Появление грамот царя в Астрахани привело к расколу в лагере восставших. Одни решили покаяться и сдаться, другие же, напротив, ожесточились, заперлись в астраханской крепости, которая тремя линиями окружала город, и решились лучше умереть, но не поступиться только что обретенной свободой.
При подходе полков Шереметева к Астрахани повстанцы ударили по ним из пушек и организовали вылазку. Но силы были не равны. Против астраханских стрельцов и бедняков действовала новая петровская регулярная армия во главе с победителем шведов. После короткой бомбардировки войска прорвали первые линии укреплений и атаковали кремль. Последовал короткий и яростный штурм, и все было кончено: 13 марта 1706 г. Шереметев вступил в астраханский кремль. Повстанцы лежали вдоль улиц, демонстрируя свою покорность.
Начался сыск. Сотни людей, в том числе все руководители восстания, были схвачены и отправлены в Москву. Там 300 из них были казнены. Десятки других погибли при допросах и пытках. На расправы со стороны повстанцев власти ответили столь же жестоко: ненависть в ответ на ненависть.
Вскоре новая вспышка бунта произошла в землях башкир, которые жили в Предуралье, по Средней Волге и по Каме. Здесь не вводилась новая одежда и не брили бород, но, как и в других местах, злодействовали местные чиновники, прибыльщики. В связи с продолжающейся войной у башкир стали забирать лошадей для конницы, самих их понуждали к участию в войне. По башкирским селам специальные команды искали бежавших сюда рекрутов.
Раздражало местное население и все увеличивавшийся поток русских переселенцев, строительство православных храмов. Башкиры, как известно, мусульмане, они ещё не забыли времена, когда были свободны от России, а их религия оставалась единственной в крае. Симпатии многих из них, особенно представителей верхов башкирского общества — ханов и мусульманского духовенства — неизменно склонялись в сторону центра тогдашнего мусульманского мира — Турции. При насилиях русских властей над местным населением сразу же обострялись национальные и религиозные противоречия.
В 1707 г.