По данным историков, только в Поволжье крестьяне казнили до 3 тысяч местных дворян. В поволжских землях рушится десятилетиями устоявшаяся жизнь. Хаос, разрушение, пожарища сопровождают расправы.
В знак солидарности с поволжскими дворянами Екатерина II объявила себя «казанской помещицей», показав, что власть в борьбе с восстанием не отступит и пойдет до конца.
К Волге подтягиваются все новые войска. А в это время Пугачеву сдаются без боя многие поволжские города. Дворяне в страхе ожидают похода Пугачева на Москву, его появления в центре помещичьего землевладения России. Однако он поворачивает на юг.
В июле 1774 г. Пугачев врывается в Казань. Местное дворянство и гарнизон запираются в Казанском кремле. Но на выручку городу уже подходят полки Михельсона. В ожесточенном сражении за Казань, которое длится несколько дней, царские войска вновь берут верх.
Пугачев отошел от столицы края и продолжил движение к югу. Поволжские города продолжают открывать ему ворота. Его стремительное продвижение почти не встречает сопротивления: взяты Саранск, Саратов, Камышин, пала Пенза. Повсюду пугачевцы и местное население устраивают расправы над дворянами и администрацией, делят имущество, организуют местное казацкое управление. Но Пугачев не задерживается в этих городах. Михельсон идет за ним следом. Наконец он вновь настигает Пугачева под Царицыным. Здесь, на берегу Волги под Черным Яром в конце августа 1774 г. царские войска наголову разбивают казацко-крестьянскую рать. Огнем из пушек и ружей они буквально сметают с лица земли в ярости бросающихся на них почти безоружных повстанцев.
Пугачёвцы потеряли здесь тысячи человек убитыми и взятыми в плен. В который раз повстанческая армия перестала существовать. На четырех лодках самозванец переплыл Волгу и ушел на её левую луговую сторону всего с тридцатью казаками. Это было все, что у него осталось после полутора лет побед и поражений.
Пугачев стремился найти убежище в заволжских степях, в местных камышовых плавнях. Он хотел отсидеться там, набраться сил, а потом вновь разжечь пламя восстания.
В это время в ставку Михельсона прибыл Суворов. Все войска в этих местах переходили в его подчинение. Суворов тоже переправился на левый берег Волги и углубился в степь в поисках повстанцев.
Пугачев метался по степи, как затравленный зверь. Кольцо окружения сужалось. На его поиски шли отряды из Яицкого городка, Башкирии, мобилизована была калмыцкая конница.
На время Пугачев со своими сторонниками укрылся у раскольников на реке Малый Узень. Здесь у казацкой верхушки созрел заговор против своего вождя. Его выдачей властям они хотели искупить вину и спасти жизнь.
8 сентября 1774 г. Пугачев был схвачен и вскоре выдан властям.