Неудивительно, что именно фарисеям принадлежит идея изобретения синагоги – местного молитвенного дома. Как известно, еще со времен Первого Храма главными инициаторами того, чтобы вся религиозная служба происходила только в Иерусалиме, были аарониды. Эта священническая каста под предлогом борьбы с идолопоклонством стремилась поставить под свой контроль все богослужение в стране, чтобы доходы от совершения религиозных ритуалов и жертвоприношений стекались исключительно к ним. Концентрация богослужения в Храме доставляла массу неудобств населению, особенно отдаленных областей, и оставила без работы и куска хлеба местных священнослужителей – левитов. Учитывая, что священники Иерусалимского Храма (саддукеи) происходили, как правило, из ааронидов, а многие фарисеи – из левитов, можно заключить, что разногласия между этими религиозными течениями имели давние и глубокие корни.
Фарисеи были безусловными сторонниками прозелитизма, то есть распространения иудаизма среди неевреев. Эта проблема была очень актуальна в I веке до н. э., когда Хасмонейская Иудея быстро восстанавливала прежние границы древнееврейских царств – Израиля и Иудеи – и под ее власть подпадали родственные евреям народы, остававшиеся еще язычниками. Позднее, в I веке нашей эры, когда Иудея стала провинцией Римской империи, иудейский монотеизм привлекал к себе многих эллинов и римлян, преимущественно из образованных слоев населения. Активный прозелитизм фарисеев привел, например, к иудаизации идумеев (эдомитян) и к полному слиянию этого народа с евреями. Вообще ранний фарисейский иудаизм был широко открыт для других народов, и переход в него происходил несравненно проще и быстрее, чем в современный иудаизм.
В конце I века до н. э. фарисеи разделились на сторонников школы Гиллеля и школы Шамая – двух выдающихся законоучителей, которые одно время были сопредседателями верховного религиозного суда – Синедриона. Обе эти религиозно-философские школы различались между собой в методах толкования Письменной Торы. Гиллель толковал ее значительно мягче и либеральнее, чем Шамай. Последний же не допускал никаких облегчений в исполнении законов Письменной Торы и запрещал многое из того, что разрешал Гиллель. Шамай отличался буквальным пониманием Письменного Закона и соблюдение его правил и обрядов ставил превыше всего. В этом плане он сближался с саддукеями, которые тоже требовали буквального соблюдения Письменной Торы. Если Гиллель был известен своим духом терпимости и любви к людям, то Шамай проявлял в обращении с людьми суровость и резкость.