Однако отношения фарисеев с правившей тогда хасмонейской династией складывались не так-то просто. Первый серьезный конфликт между ними случился именно при Гиркане, когда один из руководителей фарисеев, приглашенный на пир ко двору, имел неосторожность высказать пожелание, чтобы Гиркан «сложил с себя сан первосвященника и удовлетворился только положением правителя народа» (Флавий, Иуд. древн., XIII, 10, 5). Рассерженный властитель удалил от себя фарисеев и стал поддерживать их противников – саддукеев. Более того, Гиркан не только разрешил народу не соблюдать установленные фарисеями законы, но даже пригрозил наказанием тем, кто стал бы их исполнять. Несравненно более серьезное столкновение произошло при иудейском царе Александре Яннае. Тогда вражда между царем и фарисеями началась с конфликта в Иерусалимском Храме, а затем переросла в шестилетнюю гражданскую войну, в ходе которой погибло 50 тысяч фарисеев и их сторонников. Примирение с хасмонейской династией наступило только при царствовании вдовы Янная – Саломеи Александры (Шломцион). Именно ее девятилетнее правление (76–67 гг. до н. э.) стало лучшим для фарисеев временем, так как брат царицы – фарисей Симон (Шимон) бен Шетах приобрел большое влияние на все государственные дела. Царица не только передала управление страной фарисеям и приказала народу им повиноваться, но и сделала обязательными все их дополнения к письменному закону, которые в свое время отменил Гиркан. Таким образом, реальная власть оказалась в руках фарисеев. Они возвращали изгнанников на родину, освобождали заключенных, одним словом, ничем не отличались от настоящих правителей (Флавий, Иуд. древн., XIII, 16, 2). Правда, власть фарисеев продолжалась недолго. После смерти Саломеи Александры их политическое влияние стало быстро ослабевать, а к началу царствования Ирода Великого (37—4 гг. до н. э.) они уже не играли сколь-нибудь существенной роли в политической жизни Иудеи и вынуждены были ограничиться сугубо религиозными делами. Однако независимо от своего отношения к власти фарисеи находились в постоянном конфликте со священниками Иерусалимского Храма (саддукеями). Главным пунктом разногласий между ними являлся так называемый Устный Закон. Фарисеи утверждали, что Бог дал Моисею не только Письменный Закон, (то есть Тору, или Пятикнижие Моисея), но и Устный (неписаный) Закон, который они называли Устной Торой. Этот Устный Закон представлял собой постановления мудрецов и законоучителей, а также обобщал многовековой опыт толкования Письменной Торы. Смысл и необходимость создания Устного Закона заключались в том, что надо было приспособить Письменный Закон к постоянно менявшимся условиям жизни. Позднее, где-то около 200 г.