Можно предположить, что Аменемхет III также участвовал в украшении храма: здесь были найдены два великолепных портрета этого царя.
В ходе раскопок, проводившихся египетской Службой древностей, в 1964 г. было обнаружено сооружение из сырцового кирпича, которое могло быть дворцом Аменемхета III.
Результаты раскопок Э. Навилля доказывают, что большой храм, сооружение которого датируется эпохой Среднего царства, был расширен во времена Нового царства. Гиксосы, захватившие некоторые памятники, находившиеся на этой территории, по-видимому, не опустошали это святилище.
XVIII династия также оставила здесь следы своей деятельности. Помимо храма были найдены многочисленные статуи времен Аменхотепа III и фрагменты возведенной им часовни. Рамсес II не ограничился здесь обновлением древних памятников: он также приказал выстроить в городе храм, который позднее был узурпирован Осорконом I. Этот храм находился в нескольких сотнях метров от главного храма. Рамсес II также расширил древний храм Бастет, в те времена состоявший из большого вестибюля, двух залов и гипостиля.
При Нектанебе здесь построили еще один зал. Вопрос об основателях различных частей храма недостаточно ясен, поскольку храм строился из ранее использовавшихся элементов. Кроме того, фараоны присваивали себе части постройки, возводившиеся их предшественниками. Так, колоннада гипостильного зала была узурпирована Рамсесом II и, позднее, Осорконом II. Последний, кроме прочего, приказал украсить большой зал рельефами, посвященными его юбилею. Это помещение известно под именем «праздничного зала Осоркона». По его приказу в северной части храма был также возведен портик."
"Раскопки в Бубастисе велись в первую очередь на территории святилища. В первой половине 1960-х гг. египетская Служба древностей начала расчистку домов из сырцового кирпича, датируемых Поздней эпохой. О великолепии древнего города сегодня можно судить лишь по обнаруженным замечательным памятникам. Экспедиция университета Эз-Заказика в 1980–1981 гг. обнаружила дворец эпохи Среднего царства и мастабы, относящиеся к концу Древнего царства (они сооружены из сырцового кирпича и облицованы известняковыми плитами), а в 1984–1985 гг. — некрополь местных правителей времен Среднего царства. В 1985–1986 гг. неподалеку от храма Пепи I был найден дворец VI династии.
В 1980-е и 1990-е гг. в Бубастисе более 10 лет работали немецкие и египетские археологи. В 1992 г. во время расчистки колоннады храма Рамсеса II в двух сосудах был обнаружен тайник: в нем нашли маленькие золотые статуэтки и керамику. В 1996 г. группа археологов Службы древностей открыла остатки неизвестного ранее известнякового портала, относящегося к Старому царству.