Началась охота на Инку, причем в этом испанцам стал активно помогать последний остававшийся брат Манко – Инка Паулью. Война шла скорее между индейцами, чем между индейцами и конкистадорами. В конце концов, зажатые со всех сторон испанцами и индейцами-предателями, Манко Инка и верховный жрец Вильяк Ума были вынуждены бежать. В дебрях амазонских лесов они основали новую столицу империи инков – город Вилькабамбу. Писарро нашел беглецов и там, правда, захватить хитрого Инку не сумел.
И вдруг удача улыбнулась индейцам! Пока Писарро пытался поймать Инку, среди его окружения созрел заговор. Возглавил его сын казненного Альмагро – Диего де Альмагро II дель Мосо. Утром в воскресенье 26 июня 1541 г. Франсиско Писарро принимал гостей. Неожиданно в дом ворвалось около 20 вооруженных человек. Гости разбежались. Писсаро, отчаянно сражаясь, попытался скрыться в спальне, но был убит."
"В стране вновь началась гражданская война. Теперь противостояли друг другу группировки испанцев и поддерживавшие ту или иную сторону племена индейцев. Сторонников Писарро возглавлял только что вернувшийся после неудачных поисков Эльдорадо младший брат вождя Гонсало Писсаро, сторонников альмагристов – уже названный Диего де Альмагро II. Но появилась и третья сила – отряд королевского эмиссара Педро де ла Гаско.
Вначале был разгромлен и едва спасся Гонсало Писарро. Затем пришла очередь альмагристов. Диего де Альмагро II попытался бежать после сражения, но его поймали и обезглавили. Спаслось семь альмагристов, которые скрылись в Вилькабамбе и просили защиты у Манко Инки. Император принял несчастных чрезвычайно гостеприимно. В обмен они обучили инков искусству верховой езды, стрельбе из аркебузы, искусству тактики боя. Попытки испанских властей выманить Манко Инку из леса для переговоров не увенчались успехом, поскольку его отговорили прекрасно знавшие коварство соотечественников беглецы.
В мае 1544 года для наведения порядка и утверждения законности в новой колонии испанский король прислал первого вице-короля Перу Бласко Нуньеса Вела. К нему-то и обратились с прошением о помиловании Манко Инка и семи альмагристов. Вела ответил доброжелательно и призвал авторов послания к себе.
Однако альмагристы решили явиться к вице-королю не с пустыми руками – они вознамерились принести ему голову Манко Инки! Когда заговорщики обсуждали свой план, их подслушала служанка-индианка и донесла обо всем Инке. Но наивный повелитель не поверил в неблагодарность спасенных им испанцев, он даже не предпринял никаких предосторожностей.
Одним из новых развлечений двора Инки была популярная испанская игра – метание подков. Манко Инка тоже увлекался ею.