Вдруг внутри собора раздался страшный шум, церковные двери сами собой распахнулись, показались языки пламени, и все увидели, что чудотворный образ Владимирской Божьей Матери, по словам летописца, «подвижеся от места своего», а некий голос, обличивший жителей Москвы в беззакониях, изрек, что икона хочет уйти из города.
Прихожане, увидев и услышав ужасные знамения, впали в отчаяние, не зная, что и делать, а Василий, со слезами и несокрушимой верою, продолжал свою молитву. Какое-то время спустя шум умолк, огонь погас. Чудотворная икона осталась на своем месте.
Вскоре враги осадили Москву. Они разорили и выжгли посады, захватили множество пленных, но сам город взять не смогли. Народная молва утверждала, что врагам чудесным образом явилось видение несметного войска, вставшего на защиту Москвы, и они, устрашенные, бежали.
В 1547 году венчался на царство царь Иван IV. В том же году в Москве случился страшный пожар. Накануне москвичи видели Василия Блаженного возле Воздвиженской церкви. Он неотрывно смотрел на нее и горько плакал. А наутро эта церковь загорелась. Огонь перекинулся на соседние улицы, в Кремль, в Китай-город, и скоро вся Москва была полна ревущего огня и черного дыма. Горели деревянные дома и храмы, рассыпались от жара каменные, плавились медь и железо. В Кремле начали взрываться пороховые склады. Горели царские палаты, казна, книги, драгоценности, иконы… К ночи сгорело все, что могло сгореть, и огонь утих. Весь город сделался огромным пепелищем. Потрясенные москвичи бродили среди дымящихся развалин, отыскивая погибших и остатки имущества. Царь с вельможами уехал в село Воробьево. В народе пошел слух, что пожар был вызван колдовством бабки государя, княгини Анны Глинской. Слух пустили бояре, враждующие сродственниками царя — Глинскими. Говорили, будто старая княгиня вынимала из мертвых сердца, клала их в воду и кропила ею улицы Москвы, оттого, де, и сделался пожар. Простой народ, оставшийся без крова, поверил навету — и восстал против Глинских. Вспыхнул мятеж, начались убийства и грабежи. Толпа народу окружила царский дворец в Воробьеве и стала требовать выдачи княгини Анны. Царь велел стрелять в бунтовщиков. Многих схватили, последовали казни. Мятеж был усмирен. Среди всех этих бедствий люди не раз вспоминали Василия Блаженного, оплакивавшего их заранее.
Василия Блаженного в Москве знали все — от самого царя Ивана Грозного до последнего нищего.
Царь не раз беседовал с юродивым, выслушивал его обличительные речи.
Однажды царь молился в храме, но думал в это время о строительстве нового дворца на Воробьевых горах. После службы Блаженный подошел к Ивану Грозному и завел с ним разговор: «Видел я тебя сейчас, государь, в храме и в другом месте».