Основные работы в то время проводились в Геркулануме. В Помпеях были раскопаны только три не связанных друг с другом участка. Алькубьерре интересовали лишь представляющие художественную ценность находки, которые он отправлял в королевский музей в Портичи, а другие находки просто уничтожались. Такую практику прекратили после протеста ряда ученых.
В 1760–1804 годах раскопки приобрели иной характер. Исследованные здания уже не засыпали вынутым грунтом, его начали вывозить за пределы города. Открытые памятники реставрировали, находки, не отправившиеся в музей, оставляли на месте для всеобщего обозрения. Был разработан план экскурсионных маршрутов. Когда в 1763 году была обнаружена надпись на пьедестале одной из статуй, все наконец поняли, что погребенный под пеплом город не Стабии, а Помпеи. Особенно активно раскопки велись в 1808–1814 годах при Мюрате. Важную роль в них играла Каролина Бонапарт.
В 1870 году, когда раскопками руководил Джузеппе Фиорелли, было обнаружено, что на месте тел людей и животных, погребенных под слоем вулканического пепла, образовались пустоты. Заливая эти пустоты гипсом, удалось реконструировать предсмертные позы жертв извержения.
Начиная с 1961 года, а особенно после землетрясения 1980 года, повредившего многие экспонаты, в городе ведутся практически только реставрационные работы. В настоящее время около двадцати — двадцати пяти процентов территории Помпей не раскопано. Благодаря работе археологов, которые расчистили территорию города, восстановили разрушенное и поврежденное, Помпеи превратились в большой археолого-музейный резерват под открытым небом, позволяющий представить себе, каким был итальянский город более двух тысяч лет назад.
Город Помпеи более всего интересен тем, что дает возможность познакомиться с типовой планировкой и застройкой римского города.
Помпеи имели четкую планировку. Две главные улицы города проходили с севера на юг и с запада на восток, остальные, мощенные каменными плитами, проходили параллельно главным, разделяя весь город на девять районов-кварталов. Центром городской жизни была прямоугольная площадь форума, которую окружали здания храмов, базилики, городской курии, архива-табулария, рынка.
В южной части города находился большой театр, рассчитанный на 5000 зрителей, с хорошо сохранившимися скамьями для зрителей, врезанными в склон холма, и сценой; в юго-восточной части — эллипсообразный амфитеатр, где происходили бои гладиаторов, а у ворот в городской стене — гостиницы, трактиры, лавки, конюшни. В городе были также тюрьмы, публичный дом, много жилых зданий (домусов), среди них интерес представляют дома ремесленников с мастерскими и магазинами, дома богатых людей, землевладельцев и торговцев.