То есть возведен он был в период, когда люди еще не владели необходимыми знаниями и средствами для строительства объектов подобного уровня сложности и масштаба.
Обнаруживший пирамиду инструктор по подводному плаванию Кихачиро Аратаке был просто поражен ее размерами и тут же объявил о своей находке. Вокруг пирамид Йонагуни поднялась большая шумиха, которая, тем не менее, постепенно сошла на нет: ученые, которые, казалось бы, должны были первыми заинтересоваться находкой, полностью проигнорировали ее. А причиной этому было несоответствие открытых фактов историческим данным, ведь никаких сведений о высокоразвитой цивилизации в этой местности десять тысяч лет назад у археологов и историков не было. Поэтому монумент поспешно объявили природным объектом и результатом естественного разрушения пород. Всерьез заинтересовался им только профессор японского университета Рюкю Масааки Кимура — авторитетный ученый, геолог и сейсмолог. Он посвятил изучению пирамид Йонагуни более десяти лет, совершив к ним за это время более ста погружений.
За эти десять лет ученому удалось не только подробно исследовать и описать монумент Йонагуни, но и переубедить многих противников рукотворной теории его появления, превратив их в своих союзников. Так, посетивший Японию в 1997 году с одной из экспедиций профессор Бостонского университета Роберт Шоч после погружения к монументу и многочасовой беседы с Масааки Кимура полностью согласился с выводом японского ученого: на пирамидах Йонагуни действительно видны следы обработки камня. В свою очередь, Масааки Кимура также признал часть гипотезы оппонента, заключавшуюся в том, что, вероятнее всего, для их создания люди использовали природное скалистое образование. По обоюдному согласию ученых, монумент Йонагуни получил статус «терра-формирования», то есть природного объекта, обработанного человеком для своих нужд. Эту версию подтвердила и двадцатиоднодневная международная экспедиция, в которой принимали участие ученые-антропологи, археологи, геологи и даже лингвисты.
Своеобразным пиком деятельности Масааки Кимура стал доклад о результатах его исследований, прочитанный ученым в 2001 году на одной из конференций. По ее итогам, большинство присутствующих сошлись во мнении: монумент Йонагуни представляет собой не что иное, как мегалит — древнее культовое сооружение неизвестной цивилизации, ушедшее под воду в результате естественного природного катаклизма, вероятнее всего — мощного землетрясения.
Многие ученые не согласились с этими выводами и по-прежнему полагают, что загадочные ступени и причудливые террасы монумента возникли сами собой и исключительно под действием времени, в результате расслоения скальных пород.