Действительно, еще 19 июня на флоте была введена готовность № 2 взамен повседневной готовности № 3. У всех баз были выставлены дозоры, и велась постоянная воздушная разведка. Боевая готовность № 1 была объявлена по устному распоряжению народного комиссара ВМФ Н.Г. Кузнецова незадолго до полуночи 21 июня. Тем не менее, следует признать, что корабли Балтийского и Черного флотов не были приоритетной целью для Люфтваффе. Даже главная база Балтийского флота в Таллине осталась не атакованной немецкой авиацией. При этом приведение Балтфлота в боевую готовность происходило не так быстро, как хотелось. Так, командир подводной лодки Л-3 капитан III ранга П.Д. Грищенко отмечал в своем донесении о первом походе субмарины: «22.06.41 в 4.30 был разбужен сильными взрывами бомб». Л-3 в тот момент находилась латвийском порту Лиепая. Разрывы бомб, которые разбудили Грищенко, предназначались не его субмарине, а истребителям на лиепайском аэродроме. Если бы целью бомбардировщиков Люфтваффе были корабли и подводные лодки в гаванях, то у немцев были бы все шансы устроить советскому флоту «Перл-Харбор». Однако германское командование рассчитывало запереть советский ВМФ в базах с помощью минных постановок. За несколько дней до начала войны немецкие торпедные катера вошли в бухты на побережье Финляндии и замаскировались в них. Формально остававшиеся нейтральными финны уже дали согласие на участие в войне против СССР и предоставили немцам возможность без помех выйти на позиции в ночь с 21 на 22 июня. Руководил заградительной операцией капитан I ранга Кригсмарине – германского военно-морского флота – Ганс Бютов прямо из Хельсинки.
Передовую базу Балтийского флота в Лиепае советские войска оставили уже через неделю после начала войны – 29 июня, взорвав при отходе 7 подводных лодок и эсминец «Ленин». Надводные корабли флота, выходя в море, рисковали либо попасть под удар пикирующих бомбардировщиков, либо напороться на немецкие торпедные катера или на выставленные противником мины, как это случилось с новейшим легким крейсером «Максим Горький», у которого из-за взрыва оторвало носовую часть. Всего от мин и авиабомб за первые полтора месяца войны было потеряно 6 эсминцев. Бывший начальник штаба флота адмирал Ю.А. Пантелеев уже после войны с досадой писал: «Фашистский флот не собирался вторгаться в Финский залив. Наоборот, он намеревался нас в нем блокировать. Мы же выставили «историческую» минно-артиллерийскую позицию и на этой операции потеряли нос крейсера «Максим Горький» и один эсминец»."
"На Балтийском море основу советской обороны составляли острова Моонзундского архипелага, материковая часть Эстонии и база Ханко, расположенная на северном берегу Финского залива.