До 3:45 Коробков лично по телефону отдал два приказания: начальнику штаба 42-й стрелковой дивизии поднять дивизию по тревоге и выдвигать ее из крепости в район сбора; командиру 14-го механизированного корпуса привести корпус в боевую готовность."
"Естественно, что вывести из крепости части 42-й стрелковой дивизии до начала военных действий уже не успели. Выше уже приводилась цитата из мемуаров Л. М. Сандалова, в которых он оценивает время, потребное на вывод войск из крепости в три часа. Более того, вывод не успел начаться. Едва начальник 42-й дивизии майор В. Л. Щербаков собрал командиров частей для передачи им соответствующих распоряжений, как с другой стороны границы загремели залпы артиллерии XII корпуса. Командира дивизии генерал-майора И. С. Лазаренко разыскать и поставить в известность о полученном приказании до начала войны не удалось. Устойчиво работающая после рокового часового перерыва связь теперь использовалась для передачи только плохих вестей. В 4:15—4:20 начальник штаба 42-й стрелковой дивизии В. Л. Щербаков сообщил в штаб 4-й армии, что противник начал артиллерийский обстрел Бреста. Хорошо знавшие крепость офицеры штаба прекрасно понимали, что это означает: мышеловка захлопнулась. Приказание о приведении в боевую готовность дивизий 14-го механизированного корпуса, отданное в 3:30, передать в части до начала артиллерийской подготовки врага также не успели.
Ситуация была несколько сглажена тем, что перед войной на учения из крепости вывели десять из восемнадцати батальонов 6-й и 42-й стрелковых дивизий. В момент начала немецкой артиллерийской подготовки в цитадели Брестской крепости находились следующие части и подразделения: 84-й стрелковый полк без двух батальонов, 125-й стрелковый полк без одного батальона и саперной роты, 333-й стрелковый полк без одного батальона и саперной роты, 131-й артиллерийский полк, 75-й отдельный разведывательный батальон, 98-й отдельный дивизион ПТО, штабная батарея, 37-й отдельный батальон связи, 31-й автомобильный батальон и тыловые подразделения 6-й стрелковой дивизии, 44-й стрелковый полк без двух батальонов (в форту 2 км южнее крепости), 455-й стрелковый полкбез одного батальона и саперной роты (один батальон из остававшихся в крепости размещался в форту 4 км северо-западнее Бреста), 158-й автомобильный батальон и тыловые подразделения 42-й стрелковой дивизии. В крепости находились также штаб 33-го окружного инженерного полка с полковыми подразделениями, половина окружного (т. е. подчиненного округу) военного госпиталя на острове Госпитальном и пограничная застава на острове Пограничном.
Часть защитников Брестской крепости сдается в плен.